La caseria d’Arques de Vilarrué, que fou una antiga quadra, és situada aigua amunt de Vilarrué, vers ponent d’aquest nucli. Un dels primers esments documentals del lloc i de l’església, que gaudí de categoria parroquial, data de l’any 1013, quan el comte Guillem Isarn de Ribagorça lliurà al monestir de Santa Maria d’Ovarra el vilar d’Arques amb el feu i la parròquia. Una segona redacció d’aquest instrument, corresponent a una falsificació del segle XII, consigna, però, el feu d’Arques “cum ecclesia Sancte Marie que est fundata seu hedificata in prenominata villa de Archas” amb tots els seus drets i pertinences, i amb els delmes, les primícies i les oblacions dels fidels. El cenobi de Santa Maria d’Ovarra en conservà la propietat fins a la desamortització del segle XIX. L’actual capella adossada a la casa d’Arques està dedicada a santa Anna.