Situada dins l’antic terme del castell de Sisquer, fou una de les parròquies antigues de la vall de Lord, fins que, no fa gaire, perdé la titularitat a causa de la despoblació del seu terme. Des de molt aviat depengué del monestir de Sant Llorenç de Morunys. Les primeres notícies es troben al capbreu de parròquies de la vall de Lord, que relata les parròquies que, en una data entre el 872 i 878, el comte Guifré i el bisbe Galderic constituïren a la vall de Lord, encara que és possible, per no dir segur, que devia existir amb anterioritat. En aquest document, consta que la parròquia de Sisquer (“Siscano”) havia estat regida pel sacerdot Adó, amb el consentiment dels bisbes Galderic i Esclua, i que després fou Mangulf, sacerdot, qui la regentà en servei del bisbe Nantigís (aquest Mangulf fou, segurament, el primer fundador del monestir de Sant Pere de Graudescales). Seguidament foren Bradilà, sacerdot, i Croià, sacerdot, els qui regiren la parròquia al servei dels bisbes Nantigís i Radulf, i, finalment, fou el clergue Sunifred, fill del jutge Adanagild, que la serví pel bisbe Radulf. Aquest interessant document reflecteix el govern de la parròquia des de l’esmentat establiment entre els anys 872 i 878 i el de 947, quan fou redactat el document per portar-lo al concili d’Elna, a fi que servís de prova contra les pretensions del comte Sunifred, que usurpava els drets episcopals d’aquesta parròquia i de les altres de la vall de Lord. Posteriorment, torna a aparèixer la parròquia de Sisquer, amb la sufragània de Llinars (“Siskero cum Linars”), a la relació de parròquies del final del segle X o del principi de l’XI continguda a l’apòcrifa acta de consagració de la Seu d’Urgell. Encara que no figura en una relació de béns dels monestir de Sant Llorenç de Morunys de vers l’any 1050 com a dependent del monestir, en realitat en degué dependre, ja que a l’acta de consagració del monestir de Sant Serni de Tavèrnoles, de l’any 1040, entre les possessions del monestir figuren el monestir de Sant Llorenç de Morunys i diverses esglésies de la vall de Lord, entre les quals consta la de Sant Esteve del castell de Sisquer. Aquesta església apareix al testament que l’any 1083 féu el vescomte Ramon Folc i de Cardona, en el qual deixà, a la seva muller i al seu nebot, l’església de Sisquer, que tenia en feu. Fa temps que ha perdut les seves funcions parroquials, i l’edifici actual no sembla que conservi cap vestigi d’època romànica.