Aquesta església, que fou parròquia fins l’any 1929, és situada a la part més alta de la vila de Lledó i a l’exterior nord-est d’aquesta. La primera notícia documental que tenim de Sant Feliu data de l’any 1017, bé que aquesta església ja devia fer molt de temps que existia. L’any 1109 consta que fou donada pel bisbe al priorat de Santa Maria de la mateixa vila. L’edifici actual fou fet construir pel prior Tomàs Verdaguer al segle XVIII. No hi ha restes de cap edifici anterior. En una sepultura de la sagrera de Sant Feliu, prop del mur oriental de l’església, fou descobert un encenser de bronze d’època visigòtica i de forma hexagonal. Aquesta peça, que devia tenir un ús funerari o votiu, sembla que és d’origen copte i cal datar-la cap als voltants del segle VII; actualment és al Museu Episcopal de Vic. El Museu d’Art de Catalunya, de Barcelona, conserva un retaule gòtic dedicat a Sant Tomàs, procedent d’aquesta església, d’influència bizantina i datable al segle XIV.