L’antiga església i l’hospital de Sant Joan es trobaven situats a l’actual carrer del Barrinou, a la banda esquerra de l’angle de la plaça del Mercadal, al costat mateix de la casa de la Paeria. No queda res d’aquelles edificacions, que J. Caresmar, al segle XVIII, ja confirmava que havien estat reestructurades i que la capella servia aleshores de sala de sessions de l’Ajuntament borbònic.
Al principi del segle XIII tenim els primers esments sobre l’hospital de Balaguer. En el testament de Guillem Piquer, del 2 de març de 1217, aquest li féu un llegat de 6 sous. No coneixem cap detall de la construcció de l’església, però hi ha constància que al llarg del segle XIV s’hi aplegaren diverses vegades els paers i el consell municipal per decidir tot un seguit d’afers relacionats amb la gestió municipal. El 1350, el bisbe d’Urgell Nicolau Capocci instà la comtessa Cecília d’Urgell a invertir els diners de la marmessoria del comte Ermengol X per a la restauració de l’església de Sant Joan. El 1458 sabem que es feren múltiples reformes a les teulades de l’església. A mitjan segle XVI fins i tot hi havia un benefici sota l’advocació de sant Jaume dins l’esmentada església.