Situada dins l’antic terme del castell de Fàbregues, després de la desmembració de la parròquia de Sant Joan de Fàbregues que servia per al culte dels habitants que s’aplegaven als peus del castell de Rupit formant el poble actual. Aquesta situació perdurà fins al 1878, quan les funcions parroquials es traslladaren de l’església de Sant Joan a la de Sant Miquel. L’església es documenta a partir del final del segle XIII (1286), i era servida per sacerdots beneficiats que arribaren a ser quatre, un d’ells amb el títol de vicari. Al final del segle XVII s’inicià la renovació del temple que finí ja avançat el segle XVIII. Per tant de l’edifici del segle XIII no queda cap vestigi.