L’església parroquial de Preixens apareix esmentada documentalment l’any 1172, amb motiu de la publicació sacramental del testament de Bertran de Preixens. Segons que consta en la citada escriptura, el testament va ser jurat a l’altar de sant Pere de l’església de Preixens, en presència d’Arnau de Preixens, germà del testador i bisbe d’Urgell, Ramon, rector de l’església de Preixens, Bernat, rector de l’església del Pradell, i d’altres. Bertran de Preixens, entre altres disposicions, havia ordenat que el seu cos fos sepultat a l’ecclesie sancti Petri de Perexenz, a la qual també havia fet una deixa consistent en un molí dels que ell tenia en propietat al castell de Preixens.
Aquesta parròquia pertangué a la canònica de Sant Pere d’Àger. Cal fer menció, tanmateix, que en una relació d’esglésies —propietat de l’abadia— de l’any 1373, de Preixens tan sols se’n relaciona una església dedicada a sant Miquel i no a sant Pere; per a explicar aquest fet hi ha diverses possibilitats: que la parròquia de Preixens hagués tingut una doble advocació, que es tracti de dues esglésies diferents —tot i que no hi ha constància de l’existència al terme de Preixens de cap església dedicada al sant arcàngel—, o que l’escrivà que confegí la llista hagués escrit per error sant Miquel en comptes de sant Pere.
La dependència d’aquesta església de l’arxiprestat d’Àger es manifesta en una relació de parròquies que integraven l’esmentat arxiprestat, editada l’any 1648 en un llibre de sinodals, en la qual figura la parròquia de Preixens, com també consta en un llibre de visites datat els anys 1757-58 i en un altre de 1783-84. Aquesta dependència perdurà fins al segle XIX.
L’actual església parroquial de Sant Pere de Preixens correspon a un edifici de petites dimensions, bastit en època moderna, amb un campanar de torre de base quadrada.