L’antiga església de Santa Magdalena devia trobar-se situada molt prop del castell de Faia, possiblement a l’aiguabarreig del riu Bastareny amb el torrent de Torrentols. El lloc de Faia és esmentat per primera vegada en l’acta de consagració de l’església monacal de Sant Llorenç prop Bagà, l’any 983 (Et in Faia, casas et terras et vineas cum affrontaciones illorum). El lloc s’ha de vincular, doncs, a les propietats del monestir de Sant Llorenç. L’any 1087 a Faia (Ipsa Faia). Al comtat de Cerdanya i a la vall de Brocà, a l’apèndix del Puig que es diu d’Avellanet (in comitatu Cerdaniense, in valle Brucranense in apendicio de Pujo de Avellaned), concretament unes vinyes d’aquest lloc, foren cedides al monestir de Sant Llorenç pels marmessors del testament de Bremon Sinfré. El 1288 la capella de Santa Magdalena de Faia apareix esmentada dins el castell d’aquest nom, com a sufragània de la parròquia de Sant Martí del Puig. Aquest segle els senyors de Pinós i altres senyors de la vall del Bastareny protegiren la capella amb deixes testamentàries i amb la presentació dels seus capellans davant el bisbe d’Urgell. L’any 1371 Sibil·la de Faia presentava a Jaume de Molner com a beneficiat de Faia davant el bisbe d’Urgell.