En el Liber feudorum maior hi ha diversos documents on figura la signatura d’Arnau de Foixà (Arnaldi de Fuxano), un de l’any 1192, un altre del 1199 i un altre del 1200. Aquest senyor apareix tant al costat dels monarques catalano-aragonesos, Alfons I i Pere I, com fent de marmessor del vescomte Jofre de Rocabertí l’any 1212. És tòpic de pensar que aquest senyor de Foixà —que el 1211 deixà 13 000 sous barcelonins al rei i que el 1226 fou capaç de comprar d’una manera vitalícia la jurisdicció del castell de Vila-sacra a Gilabert de Cruïlles—, en aquesta data, ja devia tenir a Foixà un castell, segurament construït almenys un segle abans. Un altre Arnau de Foixà, que Pere Català considera nét de l’anterior, es casà amb Gueralda, vídua de Ramon Ademar de Santa Pau i de Porqueres. Aquest lligam matrimonial permet de comprendre que Arnau de Foixà, l’any 1271, aparegui saquejant béns que depenien del monestir de Sant Esteve de Banyoles. També són d’aquesta època les primeres referències al castell. Així, en les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280, se cita “pro capella castri de Fuxano”. Els lligams d’aquest Arnau de Foixà amb el rei Pere II també foren força estrets. Per contra, foren bastant greus els enfrontaments del senyor de Foixà amb el comte d’Empúries, Ponç V, que li prengué, en una expedició, uns bous (“e hòmens de la terra vostra [del comte d’Empúries] li prisessen bous de Fuxà”, com diu el vescomte Dalmau de Rocabertí, aliat d’Arnau de Foixà). Com a reacció davant aquest atac, Arnau saquejà el poble de Sant Llorenç de les Arenes, proper a Foixà, que sembla que depenia de l’orde de l’Hospital. Després, potser, d’uns anys de pau, les violències continuaren. Les coses foren tan greus que, l’any 1303, segons retreu el rei, “forcívolament se pren [el comte Ponç d’Empúries) la jurisdicció de Ffuxà e y fa forques, qui és de destret de Gerona”. Al segle XIV un Pere de Foixà participà en l’expedició a Sardenya de l’any 1323, al costat de l’infant Alfons. L’any 1325, Bernat Guillem era senyor del castell de Foixà. Sembla que era partidari del rei de Mallorca, aquesta vegada contra els interessos de Pere III, rei de Catalunya-Aragó. Un enfrontament motivat per aquesta simpatia féu que el castell de Foixà fos atacat per les forces reials. Tanmateix, al castell de Foixà, que devia ésser força ben fortificat, s’havien concentrat molts defensors, vinguts de tot l’Empordà i, fins i tot, sembla que els assetjats tenien també simpatitzants entre els que els atacaven. Això féu que l’expedició de càstig enviada pel rei fracassés. Bernat Guillem morí el 1362. L’any 1381, Bernat Alemany de Foixà, casat amb Caterina d’Orriols i d’Albons, fou atacat pel comte Joan d’Empúries. El monarca, Pere III, intervingué a favor del senyor de Foixà —cosí de la muller del rei—, i el comte d’Empúries se sotmeté i hagué de satisfer Bernat Alemany pels danys que li havia causat. L’any 1383, el comte Joan es volgué venjar i atacà el castell de Foixà. El setge, segons Santiago Sobrequés, fou molt dur, ja que fins i tot es féu ús de bombardes, que projectaven bales de pedra, de bastides mòbils i d’altres ginys de guerra. El setge durà diversos mesos, fins que el rei intervingué personalment en l’afer, quan ja s’havia convertit gairebé en una guerra civil. Al final del segle XIV i durant el segle XV, els senyors de Foixà participaren en bandositats contra la família Savellaneda i contra d’altres personatges, especialment relacionats amb la ciutat de Girona. Durant la guerra civil del segle XV, el castell de Foixà canvià de propietaris, fou novament assetjat i també fou centre d’operacions de bandidatge. El castell palau de Foixà, tal com ha arribat fins a l’actualitat, és una construcció de cap al segle XVI, amb moltes reformes dels segles XVIII i XIX. Potser la torre capella i alguns fragments de la muralla atalussada són els únics vestigis del castell de la baixa edat mitjana. En canvi, no ha restat pas res de la fortificació que segurament hi degué haver a l’alta edat mitjana.