Aquesta església és esmentada en els nomenclàtors de la diòcesi del segle XIV “capella sancti Stephani in parrochia de Lertio”. La referència en aquestes llistes significa que aleshores tenia un benefici i, per tant, un sacerdot encarregat que havia d’acudir als sínodes diocesans. En el Llibre de racionaris de la vila del castell de Llers de G. Pallisser, de l’any 1730, figura la situació de la capella, la qual sembla que ja no existia en aquesta centúria: “capella de Sant Esteve situada al costat del castell superior i a la part de solixent, a hont vuy y a casa den Sellera de la forsa, a la qual estava fundat per los senyors de dit castell lo benefici sots invocació de dit sant y vuy dit benefici es de residencia en la yglesia parroquial”. La seva situació a la part de llevant de la fortalesa fa possible que l’aparell en opus spicatum que hi ha al mur d’aquest costat pertanyi a l’església, que devia trobar-se adossada al recinte emmurallat. És possible que ja existís al final del segle X, puix que hi ha una allusió de l’any 982 a Sant Julià i Sant Esteve de Llers.