La parròquia de Sant Joan Sanata és situada a l’extrem nord-occidental del terme de Llinars, a uns dos quilòmetres de la població. El lloc de Sanata és conegut documentalment des del 1003 en una escriptura del cartulari de Sant Cugat del Vallès, segons la qual Belus, juntament amb d’altres, feren donació a l’esmentat cenobi d’una peça de terra ubicada “in termino de Sanata”. Alguns anys després, el 1024, el topònim Senata apareix també en un document expedit per Berenguer, comte de Barcelona, que fa referència a uns feus situats en aquest indret.
De fet, però, hom disposa de la primera notícia sobre la parròquia de Sant Joan en un document de l’any 1040, pel qual el bisbe Guislabert de Barcelona uní aquesta i d’altres parròquies a la canònica de la seu de Barcelona. Sanata fou una de les esglésies, juntament amb Collsabadell i Vulpeieres, que el bisbe de Girona, Arnau Bernat, intentà usurpar i que foren restablertes a la Seu de Barcelona per una sentència dictada el 1097 que es féu efectiva l’any 1102. Poc temps després de totes aquestes vissicituds, una butlla del papa Pasqual II de l’any 1104 confirmà a la seu de Barcelona la possessió d’aquesta església i d’altres. Del mateix any 1104 una concòrdia entre el prevere Ramon, el bisbe de Barcelona i els canonges de la seu, estableix el repartiment de les rendes de l’església de Sanata: la meitat hauria de correspondre a la seu de Barcelona; la resta, juntament amb aquells drets que corresponen al clergat, seria per al prevere de Sanata.
De tota manera, els conflictes pels drets sobre l’església de Sanata continuaren durant el segle XII, com ho confirmen les successives restitucions fetes a la seu de Barcelona per part de diversos usurpadors. Aquest mateix segle sabem que Sanata fou, durant alguns anys, sufragània de Collsabadell.
La parròquia de Sanata fou unida a la de Collsabadell al principi del segle XV, quan tenia 9 famílies. El 1843 es va demanar la independència de Collsabadell. No tornaria a ser independent fins el 1871 (13 de febrer).
L’edifici romànic va ser substituït al segle XVI per l’actual, d’estil gòtic tardà, i posteriorment, al segle XVII, s’hi feren diverses reformes i ampliacions. L’any 1974 l’església de Sanata fou totalment restaurada.