Aquesta església era situada a la vila de Santa Maria dels Prats de Rei. Encara que tot fa creure que es trobava dins de l’antic terme del castell de la Manresana, no es coneix cap document que ho avali. Molt aviat començà a exercir funcions parroquials, i encara les manté en l’actualitat. Depenia del priorat del Sant Sepulcre de Santa Anna de Barcelona per donació dels bisbes de Vic.
Les primeres notícies d’aquesta església es remunten a l’inici de la repoblació d’aquest sector, quan l’any 945 el comte Sunyer i la comtessa Riquilda donaren al monestir de Santa Cecília de Montserrat diversos béns, entre els quals uns de situats al Camp de la Segarra (in Campo Sagarrensis), compost de les esglésies anomenades Santa Maria que diuen dels Prats, amb els altars que hi havia, amb la vila antiga, els prats I vint parellades de terra erma, amb els delmes, les primícies, les oblacions i les definicions.
La possessió de les esglésies i de les terres fou molt problemàtica, ja que el sector restà totalment devastat per les incursions d’Almansor i del seu fill ‘Abd al-Malik, I s’hagué de repoblar de nou. Com que havien quedat ermes, les terres pogueren ser aprisionades de nou. Així, entre l’any 1010 i el 1022 Seguí, senyor del castell de Castellar, es presentà a repoblar el territori, mentre que el monestir de Santa Cecília no pogué fer valdre els seus drets perquè s’havia extraviat el document que avalava la propietat. Un cop aparegut el document, l’abat Bonfill de Santa Cecília es presentà davant del comte Ramon Berenguer i de la seva mare, la comtessa Ermessenda, en una data posterior a l’any 1022, i reclamà els seus drets a un fill del primer repoblador, Company Seguí, que posseïa les esglésies i els béns reclamats per herència del seu pare. En el judici es reconegueren els drets del monestir, i Company Seguí restituí les esglésies amb els seus delmes, les primícies i les oblacions, amb la meitat dels prats, de l’alou i deu parellades de terra. L’altra meitat de les terres, encara que no s’esmenta, es degueren atorgar a Company Seguí per la repoblació del lloc que havia fet el seu pare. Posteriorment el monestir encara tingué més problemes amb algun dels pagesos que cultivaven les terres, però ja no hi estaven implicades les esglésies dels Prats. En el darrer plet que tingueren l’any 1047, l’alou de Santa Cecília encara se situava en el Camp de Segarra en el lloc de Santa Maria dels Prats. A partir d’aquest document no es coneix cap més notícia sobre el domini del monestir de Santa Cecília de Montserrat sobre l’església de Santa Maria dels Prats.
Les funcions parroquials d’aquesta església es documenten a partir d’una llista de parròquies del bisbat de Vic datable entre els anys 1025 I 1050, on figura amb el nom de Pratis.
Hi ha sengles còpies de l’any 1360 d’una suposada dotació í consagració de l’església de Santa Maria de Prats “fetes” l’any 1050 amb la participació del bisbe Guillem de Vic i del comte de Barcelona Ramon Berenguer I el Vell, la seva muller Almodis I llur fill Ramon Berenguer I amb la presència del bisbe Umbert de Barcelona. Com que els participants no concordaven amb la data, s’ha intentat de traslladar els fets a l’any 1070, però s’ha hagut de substituir la participació del bisbe Guillem de Balsareny per la del seu successor, Berenguer Seniofred de Lluçà. No obstant aquests canvis tan forçats, resten molts anacronismes, com el d’esmentar el renom del comte Ramon Berenguer, el Vell, cosa que mai no es feu en vida seva. El tipus de béns que figuren com a dotació I els antropònims que s’esmenten fan pensar en una possible consagració o dotació en el segle XII. Si no és que es tracta d’un document totalment fals, fet a partir d’un capbreu dels béns de l’església, interpolant-hi la consagració I alguna donació interessada com segurament ha de ser la del delme de tot del castell de la Manresana, ja que hi hagué un plet sobre els delmes de la Manresana amb la canònica de Solsona (vegeu l’estudi de Sant Andreu de la Manresana); aleshores es procediria a fer un document nou a partir d’un capbreu com el de Santa Maria de Veciana publicat en aquest mateix volum, o a fer unes interpolacions a una còpia d’una consagració més tardana, al mateix temps que es copiava en un cartulari, per fer-ho més versemblant. Així, en el nou document es faria constar que en la consagració I la dotació de Santa Maria dels Prats els comtes de Barcelona feren donació dels delmes de tot el castell de la Manresana a l’església consagrada, i per tant els seus drets eren anteriors a la donació a Santa Maria de Solsona. La consagració es degué produir en algun moment, si de cas dins del segle XII o al principi del XIII, però mai el 1050 o el 1070.
Les notícies de l’església tornen a aparèixer l’any 1126, quan el bisbe de Vic, Ramon Gausfred, feu donació al Sant Sepulcre de Jerusalem, al patriarca Warmond, al prior Guerau i als clergues de l’orde, de les esglésies de Santa Maria dels Prats i la de Sant Andreu de la Manresana, amb delmes, primícies, oblacions, drets eclesiàstics, sagrers i alous pertanyents a aquestes esglésies. El comte Ramon Berenguer III i la seva muller la comtessa Dolça i llurs fills Ramon i Berenguer confirmaren la donació.
Els conflictes entre l’orde del Sant Sepulcre I els bisbes de Vic i els rectors de Prats no es feren esperar. En primer lloc es produí un conflicte per unes rendes de l’església de Santa Maria, concretament per una fundació que havia fet un comte de Barcelona de vuit quarteres de blat, les quals el rector pretenia que II corresponien, i el mateix considerava l’orde del Sant Sepulcre pel dret de patronat que tenia sobre l’església. El conflicte hagué de ser resolt pels delegats papals, que l’any 1233 donaren una sentència arbitral per la qual es condemnava el rector de Santa Maria a haver de pagar el cens acostumat i no el que pretenia el prior.
També hi hagueren problemes amb el dret de patronat, fins que s’arribà a una concòrdia entre el comanador de Santa Anna I el bisbe de Vic l’any 1261. El dit comanador convingué que faria una casa a la vila de Prats, on viuria un frare que serviria l’església de Santa Maria I la de Sant Andreu sota l’obediència del bisbe de Vic, davant del qual es presentaria a fi que confirmés el nomenament. El dit frare exerciria la cura d’ànimes I compliria totes les obligacions com un altre clergue. En el cas que no es fundés la dita casa per l’orde del Sant Sepulcre, aquest perdria tots els drets que tenia en les dues esglésies. A partir d’aquesta concòrdia es coneixen diverses presentacions fetes pels comanadors de Santa Anna de frares del seu orde per exercir la cura d’ànimes de totes dues esglésies.
Aquesta situació degué subsistir fins l’any 1542, en què el priorat de Santa Anna de Barcelona vengué el priorat de Sant Miquel de la Comanda al monestir de Santa Maria de Montserrat, però no es coneix que aquest monestir exercís el patronat d’aquesta església.
Actualment l’església continua exercint les seves funcions com a parròquia dels Prats de Rei.