Al llarg del segle XI, el lloc del Cher Foradado (1004), Kero-foradat (1068) o Chero Foradad (1075), apareix en diferents documents com a límit de diverses terres. El castell del Quer Foradat documentat també en aquest segle com a possessió dels comtes de Cerdanya, passà, posteriorment, per donació, a la família dels Pinós.
L’any 1312 l’església de Sant Genís de Quer, del deganat de Cerdanya, fou visitada pels de-, legats de l’arquebisbe de Tarragona. El capellà de Querio pagava, segons consta en el llibre de la dècima de la diòcesi d’Urgell del 1391, 1 lliura i 4 sous.
Actualment l’església parroquial de Quer Foradat és adscrita a l’arxiprestat de Batllia-Baridà, però supeditada a la parròquia de Castellciutat.