Actualment, no hi ha cap rastre visible de l’antiga església de Sant Martí, i al lloc on era edificada ara hi ha un camp de conreu. El lloc de Canyà i la seva església eren a 1 km vers tramuntana de Sant Tomàs de Fluvià, a tocar del camí reial, en un replà enlairat sobre les terres ocupades per l’antic estany de Vilacolum, actualment dessecat. La parròquia medieval de Canyà era emplaçada en un lloc poblat des d’època romana, tal com demostra la terrissa de l’època que s’hi troba. En diversos documents del segle X apareixen confirmades a favor del monestir de Sant Pere de Rodes diverses possessions que aquest tenia a la vila de Canyà, amb la seva església de Sant Martí i l’estany; així, en una epístola del papa Benet VI, de l’any 979, “in villa Chaniano cum ipsa ecclesia Sancti Martini”; en un precepte de Lotari, de l’any 982, “villa Chaniano cum portione ecclesia vel stagni”, i en una altra epístola, de l’any 990, adreçada pel papa Joan XV a l’abat Hildesind, on hi ha escrit “villa Chaniano cum ipsa ecclesia Sancti Martini et cum ipso stagno”. El terme i la “villa Caniano” apareixen esmentats com a límit del terme del monestir de Sant Miquel de Fluvià l’any 1066. Per un document que Jeroni Pujades veié al monestir de Sant Pere de Rodes, Sant Martí de Canyà devia ésser erigida en parroquial el 1124. En les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280 hi ha esmentada l’“ecclesia de Tayano”, que deu ésser una transcripció errònia de “Cayano” o “Canyano”. En els nomenclàtors del segle XIV hi ha l’“ecclesia parrochialis Sancti Martini de Canyano”, si bé en aquesta època la funció parroquial era exercida, de fet, per la veïna església de Sant Tomàs de Fluvià. Al segle XVI consta que hi havia dos beneficis a Sant Martí de Canyà; un d’ells l’obtenia el cambrer de Sant Pere de Rodes, monestir que no perdé totalment els drets que hi tenia des del segle X, malgrat l’existència del priorat de Sant Tomàs de Fluvià. Als segles XVII i XVIII hi hagué un llarg plet entre ambdues institucions eclesiàstiques sobre aquests interessos. L’església ja era pràcticament del tot enrunada l’any 1734. Un home d’edat avançada de Siurana recordava haver vist una paret d’aquesta església d’aproximadament 1 m d’alt. Actualment, en remoure les terres per a les feines agrícoles, són nombroses les pedres i les restes de fonaments que s’hi troben. La persona que treballa el camp ha manifestat que ha pogut comprovar en diferents ocasions l’existència dels fonaments d’una nau de 30 m de llarg per 15 m d’ample. Si aquesta construcció fos l’església, caldria pensar que es devia tractar d’un monument d’unes dimensions i d’una importància veritablement extraordinàries. Potser els fonaments que han aparegut llaurant no pertanyien només a l’església, sinó també a algun altre edifici. Potser són anteriors, d’època romana. D’altra banda, al cantó de tramuntana de la suposada nau de l’església fou descoberta una paret que tenia tres basaments de columna adossats. Només una prospecció arqueològica podria respondre als interrogants que ara plantegen aquesta església i les seves restes enterrades.