Aquesta era l’església de l’antiga vila de Mudegons documentada des de l’any 916 (villa Mutationes). Per a tenir notícies d’aquest temple cal esperar fins al 1170, que és esmentat en una donació de Ramon de Peralada a Arnau Comte. L’any 1447 va ser unida a la col·legiata de Sant Joan de Perpinyà. Sembla que amb el temps tingué diverses advocacions. El 1577 es trobava dedicada a sant Salvador i a mitjan segle XVII apareixia sota l’advocació de santa Maria Magdalena. Sant Sebastià de Mudegons es trobava a la riba dreta de l’Aglí, a prop del mas Llobet.