El lloc de Bonestarre, esmentat l’any 1146 a l’acta de consagració de l’església de Sant Martí de Cardós, a la qual havia d’ajudar al seu manteniment amb mig modi de blat, formava part del Vallato, esmentat ja en l’acta de consagració de la Seu d’Urgell i en les disputes que al llarg del segle XI, per motiu de jurisdicció, es produïren entre els comtes de Pallars Jussà i els de Pallars Sobirà.
La primera notícia que es coneix d’aquest llogaret, però, és la deixa testamentària d’un home de Bonestarre que la comtessa Eslonça, muller d’Artau II, feu a favor de l’església de Santa Maria de Ribera, en el seu testament datat vers l’any 1112. El 1113 es documenta la cessió de Bonestarre per part del comte Artau II al vescomte Pere de Vilamur.
L’any 1136 era prevere de l’església de Bonestarre un tal Bernat. Sembla que ja des del segle XII aquesta església era una sufragània de Sant Romà d’Anàs. Tanmateix, en la visita realitzada els anys 1314 i 1315 a les esglésies parroquials del deganat de Cardós pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona, hi figura Sant Vicenç de Bonestarre. L’any 1378, segons el capbreu de la comanda de Susterris, Joan Amigó era capellà de Sant Vicenç. En la visita pastoral del 1758 el visitador fa constar que l’església de Sant Vicenç conserva el seu campanar a “lo antiguo”, segurament una referència al campanar d’espadanya i fa esment d’un únic altar secundari, a part el principal, i al fet que la sagristia és “muy angusta y reducida”. Aquesta descripció es contradiu amb l’edifici actual, en el qual hi ha cinc capelles per altars, una sagristia prou àmplia i un campanar de torre del tipus que predominà al Pallars durant el segle XVIII. Per tot això cal suposar que la visita del 1758 fou efectuada sobre la primitiva església d’època alt-medieval de la qual no es conserven vestigis, però que pel contingut de la visita és pot deduir que era un edifici d’una sola nau, probablement amb un absis que comprenia l’altar principal i un campanar d’espadanya de dos ulls. Finalment, cal assenyalar que en algunes publicacions editades en els darrers anys, aquesta església figura, equivocadament, sota l’advocació de santa Maria.