Les primeres notícies conegudes del poble i de l’església d’Ainet de Cardós es troben en l’acta de consagració de Sant Martí de Cardós del 1146, en què els habitants d’Asnet es comprometien a servir l’església “faciant illam ecclesiam cantare et inluminare”, i en contrapartida el clergue de Sant Martí havia de servir l’església d’Ainet.
Santa Eugènia d’Ainet figura en la relació d’esglésies parroquials del deganat de Cardós visitades, entre el 1314 i el 1315, pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona. Segons el llibre de la dècima del 1391, el capellà d’Ainet havia de pagar la quantitat de dotze sous.
Al principi del segle XVI, Ainet, amb l’església de Cassibrós com a sufragània, figurava encara com a parròquia, categoria de la qual ja no gaudia a la fi de segle.
L’actual església de Santa Eugènia és un edifici posterior al 1758, car en la visita pastoral efectuada aquest any a l’església d’Ainet de Cardós s’esmenta un edifici amb un sol altar, el principal, amb un campanar “a lo antiguo” i una sagristia petita, característiques que no s’avenen amb l’actual edifici de factura barroca, seguint la tradició de les esglésies de l’Alt Pallars construïdes al llarg del segle XVIII. En aquesta visita consta que l’església de Santa Eugènia era sufragània de l’església de Lladrós. Actualment és inclosa en la parròquia de Llavorsí.