Com el veí vilatge de Boldís Jussà, Boldís Sobirà es documenta pel testament d’Arnau de Prenyanosa, del 1136, per l’acta de consagració de Sant Martí de Cardós, del 1146, al qual havia d’aportar mig modi de cereal a l’any, i per l’acta de consagració de la Seu d’Urgell, en què apareix com a parròquia independent. Encara gaudia d’aquesta categoria el 1314, any en el qual fou visitada pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona. A partir, però, del segle XV, i possiblement a causa de les greus crisis demogràfiques que havien afectat el país, sembla que Boldís Sobirà passà, eclesiàsticament, a dependre de l’església del Boldís Jussà.
Per la visita pastoral del 1758 a l’església sufragània de Sant Fruitós, sabem que les reformes o la nova construcció que modificaren la fisonomia de l’edifici i del seu campanar encara no s’havien efectuat, car es descriu un edifici “bien reparado”, amb una sagristia “reducida”, un altar principal i dos de secundaris, i un campanar “a lo antiguo”.