El “locum lonquera” és esmentat en la Gesta comitum barcinonensium vers l’any 1285. El 1688 la Jonquera, amb Canadal, Agullana i Darnius, formava una batllia dels comtes de Peralada. No hi ha notícies documentals de l’església de Santa Maria fins el 22 de març de 1413, que el bisbe Ramon Descastellar havia atorgat indulgències als qui contribuïssin a restaurar l’església de Santa Maria de “Jonqueria”, sufragània de la parròquia d’Agullana. L’any 1569 consta ja com a parròquia independent. Actualment l’església de Santa Maria de la Jonquera és en la seva major part obra del segle XVIII i és formada per una nau amb capelles laterals, creuer amb cúpula i absis semicircular. La façana, però, és l’únic element que es conserva del temple més antic, que fou bastit al començament del segle XV. És molt notable la portada, amb la inscripció de la llinda datada de l’any 1413, com a exemple de la perduració de les formes arquitectòniques d’arrel romànica.