L’arbre filogenètic de les algues encara es troba en construcció. El cloroplast, l’estructura cel·lular i les anàlisis de genètica molecular han aportat nombroses dades que han servit de base per a donar coherència a les principals línies filogenètiques, que actualment es considera que són dues: les algues procariotes, o cianoprocariotes, i les algues eucariotes.

La teoría endosimbiòtica. 1 Cianoprocariota. 2 Plastidi. 3 Membrana interna del cianobacteri. 4 Membrana externa del cianobacteri. 5 Membrana del fagosoma. 6 Nucli primari. 7 Mitocondri primari. 8 Membrana del fagosoma de l...