L’antic convent de Sant Francesc es trobava extramurs de la ciutat, molt pròxim al portal de Sant Joan, dit també de Sant Francesc. Limitava al nord amb el camí de Tarragona, que passava davant l’hospital de la Santa Creu, a l’E amb el promontori del Sitjar i barranc d’Orleans, al S amb el cementiri i l’església de Sant Joan del Camp i a l’W amb el camíque portava a l’esmentat fossar. No podem precisar amb exactitud la correspondència actual d’aquesta ubicació, però podem delimitar un espai aproximat comprès entre el peu del carrer de la Murada de Sant Joan, el de Joan d’Aldana, el de Sant Joan Baptista de la Salle i el de Cervantes.
Desconeixem la data exacta de l’establiment dels franciscans a Tortosa, però amb tota probabilitat la fundació del convent tingué lloc a la primera meitat del segle XIII, ja que el primer document de què tenim notícia, de l’any 1248, es refereix a ampliacions del monestir. Sembla que va arribar a ser un dels convents franciscans més importants de la corona catalanoaragonesa. Durant el segle XIV es va portar a terme al convent una forta activitat constructiva, sufragada en part per la ciutat: es construí una nova església, un porxo a l’entrada del convent i s’efectuaren nombroses obres de restauració i reforma als claustres. En aquesta època tenim documentada, doncs, una església, amb capelles i sagristia, a la qual s’accedia pel camí de Sant Joan mitjançant una escalinata, dos claustres amb sepultures de ciutadans, un cementiri orientat al N i un hort al S; tot el recinte era envoltat per un mur.
L’any 1570 el convent va passar a l’orde de Sant Domènec, però sempre conservà el nom de Sant Francesc. Els dominics el van reformar i amb ells va assolir la seva màxima esplendor. Subsistí fins a l’inici de la guerra de Successió, al segle XVIII, moment en què va ser enderrocat, juntament amb l’hospital de la Santa Creu, per construir-hi, a partir del 1705, les fortificacions de la porta de Sant Joan. En substitució, es construí l’any 1714 l’església del Roser, a la banda esquerra del riu.
Al final del segle XIX s’enderrocaren les fortificacions de Sant Joan i la zona quedà afectada de ple per la construcció de l’Eixample de la ciutat. Per notícies de premsa sabem que els anys 1892-93, durant les obres d’enderrocament del baluard de Sant Joan i la construcció de l’Eixample de la ciutat, a la confluència dels carrers de la Unió (avui Teodor González) i Sant Blai, es descobriren uns llenços de mur en forma de paral·lelogram obert per un dels extrems, dins del qual es trobà una taula d’altar de pedra sorrenca, de 2 m de llargària, al centre de la qual hi havia una cavitat per a col·locar-hi el suport. També es trobaren fragments de columnes, capitells i carreus treballats, una clau gòtica amb un escut franciscà esculpit i un ossari. D’altra banda, moltes de les lloses que formaven la banqueta del baluard eren làpides sepulcrals. L’any 1900, en perllongar el carrer de Teodor González, es descobrí un gran ossari, en el qual, juntament amb nombroses restes humanes, que foren traslladades al cementiri, aparegueren dos monedes de plata del segle XV, medalles, un crucifix, dos creus i denes de rosari. Totes aquestes troballes s’interpreten com a restes de l’antiga església i fossar del convent de Sant Francesc.