Aquesta església, avui desapareguda, fou la capella del castell de la Suda. Degué ésser bastida dins el recinte d’aquesta fortificació immediatament després de la conquesta feudal de Tortosa l’any 1148. Una de les primeres mencions d’aquest temple es troba en un document sense data que fa referència a l’any 1149 i que conté el repartiment de la ciutat un cop conquerida; segons aquesta escriptura, en la divisió especial que es féu del castell de la Suda, s’establí que l’església de Sant Joan fos un edifici d’ús comú per als genovesos i per a Guillem Ramon de Montcada, als quals s’havia atorgat respectivament, en el repartiment —com a reconeixement de la seva participació en la conquesta—, una part de l’espai que ocupava la fortalesa de la Suda.
Al llarg del segle XII són nombrosos els testaments on s’inclouen llegats o deixes a l’església de Sant Joan de la Suda. Una de les actes testamentàries més antigues que s’han localitzat data de l’agost del 1170, en el qual la testadora, una dona anomenada Flor, manà, entre altres disposicions, que fos llegat a “Sancti Iohannis de Zuda” un morabatí. Els anys 1172 i 1173, Ramon Espeleu i Pere Oleguer, en els seus respectius testaments, ordenaren fer una deixa també d’un morabatí al capellà de Sant Joan de la Suda (“capellano Sancti Iohannis de Zuda”). Altres dos testaments, datats els anys 1176 i 1180 i que corresponen a Pere Esteve i Ramon Curruz, fan llegats monetaris a l’esmentada església. Un dels documents potser més interessants que es refereixen a l’església de Sant Joan de la Suda, ja que denota la importància que tenia com a capella del castell, on feien estada els comtes reis quan anaven a Tortosa, data de l’any 1184, i és una escriptura per la qual Alfons I, per remei de la seva ànima i la dels seus pares, concedeix a l’església de Sant Joan un càntir i mig d’oli anual per fer cremar sempre una llàntia a l’altar; el monarca, a més, mana al batlle que observi aquesta disposició i que extregui l’oli necessari per a tal fi dels béns i les rendes que ell tenia a Tortosa.
Al segle XIII continuaren produint-se llegats testamentaris a l’església de Sant Joan de la Suda, de la qual es desconeix el moment en què va desaparèixer. N’ha pervingut tan sols un crismó esculpit de pedra sorrenca, que actualment és encastat a la clau de l’arc de la porta d’entrada del parador nacional de turisme. Aquest crismó s’estudia en la monografia de l’epigrafia aitmedieval de Tortosa, dins aquest mateix volum.