Les llegendes sorgides entorn de la fundació d’aquesta església parlen d’un origen visigòtic, de la invasió musulmana i del posterior establiment en aquest indret de monjos benedictins. En realitat, segons les notícies documentals que s’han localitzat. Santa Maria de Llinars fou primitivament una mena de santuari que tenia una comunitat mixta de donats i servents. D’acord amb la seva situació al peu del camí del Coll, una important via de comunicacions a l’època, la finalitat principal de la casa de Llinars era proporcionar hospitalitat als viatgers, pelegrins i traginers de tota mena. La primera referència documental data del 1241, i és molt probable que ja aleshores depengués de l’església parroquial de Benavarri, tot i que en la seva gènesi podia haver estat relacionada amb els ordes militars, especialment amb el Sant Sepulcre, i fins i tot amb els frares cistercencs. Així, l’any 1274 Nicolau, monjo i procurador de Beate Marie de Linars, amb l’aprovació de Guillem Bernat de Fluvià, ardiaca de Ribagorça i rector de Benavarri, canvià una terra del terme de Benavarri per una altra a la Ribera de Llinars. Poc després figuren vora l’esmentat Nicolau, fra Domènec de Llaguarres i Bona “fratrisse ejusdem ecclesie”, els quals lliuraren l’any 1278 a cens emfitèutic un camp a la partida d’Alloçans.
L’any 1305 el procurador de l’ardiaca de Ribagorça proveí l’església heremitanie de Llinars, a instàncies d’Arnau Juglar, justícia de Ribagorça, en la persona de Domènec Cuba amb l’obligació de donar sempre hospitalitat als pobres i de pagar 9 sous per cens anual. El 1345 l’hospital de Llinars obtingué una important butlla d’indulgències que afavorí l’arribada d’almoines. L’increment patrimonial fou tal que el 1413 s’hi va crear un convent de frares predicadors, el qual persistí fins a la desamortització del segle XIX. L’edifici actual correspon, justament, a aquesta darrera etapa.