Aquesta església, situada sobre l’antic port d’Empúries, és esmentada en els nomenclàtors de la diòcesi de Girona del segle XIV com a “capella sancti Eusebii, in parrochia de Inpuriis”, la qual tenia, almenys, un sacerdot encarregat que havia d’acudir als sínodes diocesans. L’any 1601 encara existia i tenia dos beneficiats. Avui no queda cap rastre de la capella de Sant Eusebi, però el seu emplaçament és conegut gràcies a una monografia publicada l’any 1803 per Josep de Maranges, de l’Escala, el qual explica que “a mano derecha de la entrada de dicho Puerto se ve otra fuente de agua dulce...