Els orígens de l’església de Sant Martí de Talaixà es remunten a la segona meitat del segle IX, quan els monjos benedictins de Sant Aniol d’Aguja fundaren la “cellam vocabulo Talexano”, com mostra el precepte que el monarca franc Carles el Calb donà a Ricimir, abat d’aquest monestir, confirmant les seves possessions, l’any 871. Amb el temps, aquesta església degué passar a mans de la seu episcopal de Girona, ja que, el 1004, durant el procés que tingué lloc a Besalú entre el bisbe de Girona, Odó, I el comte de Besalú, Bernat Tallaferro, per la possessió de les esglésies d’Argelaguer, Tortellà i Sadernes, el primer argumentà que aquestes esglésies havien estat cedides, amb llurs dècimes i primícies, pel seu antecessor, el bisbe Vigo, al levita Abbó, de la mateixa manera que el prevere Flavi havia rebut l’església de “Talexano”. L’any 1094, la parròquia de Talaixà, entre d’altres, apareix esmentada com una de les afrontaclons del mas “Conill”, que Arnau Arnall, la seva dona i els seus fills donaren a Santa Maria de Besalú. A partir d’aquest moment, les notícies que hi ha sobre Sant Martí de Talaixà, durant la baixa edat mitjana i una bona part de l’època moderna, es limiten a l’esment de la parròquia que fan diferents llibres de la diòcesi gironina: “ecclesia de Talexano” a les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280, “Sancti Martini de Talaxano” al Llibre verd del 1362 i “ecclesia de Talaxa” als Sinodials de 1691. Al començament del segle XVIII, havia perdut la categoria de parròquia i esdevingut sufragània, com les esglésies de Ribelles, Hortmoier I Escales, de la parròquia de Sant Llorenç d’Oix, el rector de la qual s’encarregava d’atendre totes aquestes esglésies amb l’ajut d’un vicari que residia a Talaixà. Per tal que ambdós eclesiàstics poguessin dir missa a quatre de les cinc esglésies cada dia de festa, foren autoritzats a dir dues misses pel bisbe de Girona, Josep de Taverner I d’Ardena, durant la visita que feu a l’ardiaconat de Besalú l’any 1722. L’antic edifici romànic fou substancialment modificat en època moderna fins al punt que ha perdut tot el caràcter original.