D'esquerra a dreta i de dalt a baix: organització cel·lular de les rafidofícies (a flagels; b invaginació flagel·lar; c reservori; d dictiosomes; e vacúols contràctils; f nucli; g tricocists; h plasts; i cutícula); crisofícies (a flagels; b plast; c vacúol contràctil; d nucli; e cos mucífer; f grànul de crisolaminarina: g teca); bacil·lariofícies (Navicula) i Melosira: a nucli; b nuclèol; c cromatòfor o plast; d pirenoide; e gota de greix; f rafe; g membrana nuclear; h reticle endoplasmàtic; i dictiosomes; j ribosomes citoplasmàtics; k mitocondri amb ribosomes mitocondrials; l vacúol; m membrana cel·lular; n epivalva; o hipovalva); i craspedofícies (a flagel; b collar flagel·lar; c nucli; d vacúols contràctils; e partícules nutritives).
Assumpció Cañadas, a partir de fonts diverses facilitades pels autors.
Hom inclou actualment en el fílum dels heterocontòfits diverses classes d’algues que, malgrat la seva diversitat d’aspectes, presenten una gran unitat des del punt de vista de la ultrastructura, i també de la coloració i d’altres caràcters. Tal com els considerarem nosaltres, és a dir, deixant a part els feòfits (que malgrat les afinitats estructurals de llurs cèl·lules i de llurs zoogàmetes formen un grup massa diferenciat), comprenen des d’organismes monadals i coccals, que constitueixen la majoria dels representants, fins a organismes tricals i sifonals. El nom del fílum ve del fet que les cèl·lules flagel·lades que presenten les algues que el componen són típicament heterocontes, és a dir, provistes de dos flagels, desiguals, l’un d’ells dirigit cap endavant, tractor, amb dos rengles de mastigonemes a banda i banda, i l’altre, dirigit endarrere com un timó, llis. La paret cel·lular acostuma a presentar capes o esquàmules protectores diverses.
Presenten plastidis de color verd groguenc, verd daurat o verd brunenc, amb clorofil∙les a i c, β-carotè, i xantofil∙les característiques, que es troben típicament embolicats per un replec del reticle endocitoplasmàtic. A l’interior, els tilacoides s’agrupen de tres en tres. El més perifèric d’aquests grups fa tota la volta al plastidi. A l’interior, vora la base dels flagels, hi pot haver una taca ocular. Hi ha també grànuls de crisolaminarina, el polisacàrid de reserva, sovint situats sobre els pirenoides, però fora dels plastidis. També poden acumular oli com a substància de reserva o per alleugerir la cèl∙lula.
En podem distingir 6 classes, d’amplitud molt desigual (molt petita i poc coneguda, com la de les eustigmatofícies, o molt dilatada, com la de les bacil∙lariofícies). Són les següents: la de les cloromonadofícies (Chloromonadophyceae) o rafidofícies, la de les xantofícies (Xantophyceae), la de les eustigmatofícies (Eustigmatophyceaé), la de les crisofícies (Chrysophyceae), la de les bacil∙lariofícies (Bacillariophyceae) o diatomees i la de les craspedofícies (Craspedophyceae). Algunes d’aquestes classes han estat considerades com a fílums per alguns autors recents. Una part dels grups esmentats aquí han estat també estudiats pels protozoòlegs, que els han estructurat amb un sistema taxonòmic propi.