La referència més antiga d’aquesta església, de la qual no es coneix l’emplaçament, és de l’any 1030, en la donació d’un alou situat al terme de les esglésies de Sant Romà de Banat i Sant Iscle de Vilanova, encara que el terme de Sant Iscle de Vilanova és mencionat abans, l’any 1020; i es retroba en instruments dels anys 1044, 1064, 1077 o 1092. L’any 1064, hi ha documentada una deixa testamentària a l’església de Sant Iscle de Vilanova de dues unces d’or.
El lloc de Vilanova, que figura en l’acta de consagració de la Seu d’Urgell, pertanyia al terme del castell de Sant Jaume, propietat dels Pinós. Amb la fundació del castell del puig de Calbell de Banat, a qui Galceran de Pinós atorgà carta de franquícia l’any 1255, sembla que el nucli antic de Vilanova quedà englobat dins la nova vila, poblada per habitants provinents de la vila de Banat, que si bé primerament s’anomenà Calbell de Banat no trigà a adoptar el nom de Vilanova de Banat i esdevingué parròquia; la seva titular, Santa Cecília, passà a tenir com a sufragània Sant Romà de Banat. Per contra Sant Iscle no apareix esmentat en les relacions d’esglésies d’aquesta parròquia, ni dels seus entorns, des del segle XIV.