La referència més antiga d’aquesta església, de la qual no es coneix l’emplaçament, és de l’any 1030, en la donació d’un alou situat al terme de les esglésies de Sant Romà de Banat i Sant Iscle de Vilanova, encara que el terme de Sant Iscle de Vilanova és mencionat abans, l’any 1020; i es retroba en instruments dels anys 1044, 1064, 1077 o 1092. L’any 1064, hi ha documentada una deixa testamentària a l’església de Sant Iscle de Vilanova de dues unces d’or.

El lloc de Vilanova, que figura en l’acta de consagració de la Seu d’Urgell, pertanyia al terme del castell de Sant Jaume, propietat dels...