L’antic poble de Tragó de Noguera, abandonat i mig negat arran de la construcció de l’embassament de Santa Anna, és situat a l’esquerra de la Noguera Ribagorçana, un cop passat el congost de Canelles. Una de les primeres referències documentals indirectes d’aquesta església data de l’any 1091, quan el vescomte Guerau Ponç II de Cabrera i la seva esposa Mala-signada feren donació a l’abadia d’Àger de les esglésies que existien o poguessin existir en el futur en el castell de Tragó i en altres; el document ho expressa així: “omnes ecclesiis que sunt et erunt omni tempore in castrum Dracone” i li cedí també el delme de la seva dominicatura. Aquesta donació tornà a ser confirmada a Sant Pere d’Àger en dues escriptures datades els anys 1104 i 1108, fetes pels abans esmentats vescomtes d’Àger. Aquest darrer any tota l’àrea noguerenca havia estat conquerida als àrabs, exceptuant-ne només Os de Balaguer, Castelló de Farfanya i Llorenç de Montgai.
El 1171 l’abat Ramon d’Àger signava un acta de concòrdia amb Bernat Escolà de Camporrells, amb el qual hi havia hagut certes diferències. Entre els acords consignats, es determinà que aquest darrer, “conqueritur de ecclesia de Trogon”, tingués el permís de l’abat per a poder transferir la possessió de l’església a un tal Pere. La propietat de l’església parroquial de Tragó per part de l’abadia d’Àger es consigna també en les butlles de confirmació de béns que el papa Alexandre III atorgà els anys 1162 i 1179 a l’abadia d’Àger.
Al segle XIV, concretament el 1373, l’església de Santa Maria de Tragó figura entre les parròquies que integraven l’abadiat, en una àpoca signada pel subcol·lector apostòlic corresponent a la meitat de l’import del subsidi a la Seu Apostòlica per part del monestir d’Àger. Posteriorment es menciona també en el llibre de sinodals del 1648 i en el llibre de visites dels anys 1783 i 1784 de l’arxiprestat d’Àger, del qual depengué fins al segle XIX. Molt probablement aquesta església era dedicada a l’inici només a santa Maria, tal com ho esmenten els documents, i en un moment posterior s’hi afegí la dedicació a sant Jordi.
Tot i que d’origen romànic, l’edifici actual correspon a una construcció d’estil gòtic, modificada i ampliada en època barroca.