Es desconeix la data exacta i el lloc inicial d’establiment dels religiosos mercedaris a Tortosa. Segons uns autors fou l’any 1230, mentre que altres apunten a una data posterior al 1244. Sigui com sigui, el cas és que l’any 1250 el bisbe i el capítol donaren als frares mercedaris una capella i un cementiri als afores de la ciutat, propers al convent de Sant Francesc, segons un document conservat a l’Arxiu Capitular. Aquesta ubicació la confirmen i precisen Els Costums de Tortosa i un document de l’any 1340 que fa referència a la casa dels frares de Santa Caterina. Pensem que l’edifici devia ser situat a la banda oest del camí de Sant Joan del Camp, molt pròxim al portal de Sant Francesc, davant per davant de l’hospital de la Santa Creu, que quedaria a l’altra banda del camí.
El 5 d’agost de 1446, una concòrdia entre el bisbe, el capítol i el comanador del convent dels mercedaris acordà el trasllat definitiu del cenobi dins la ciutat. A aquest efecte, es concedí als frares una altra capella i casa al carrer de Gènova —actualment de la Mercè—, passant a disposició del bisbe i del capítol l’anterior edifici, que degué quedar afectat per les obres de fortificació de la porta de Sant Francesc dels segles XVII-XVIII i també per l’eixample urbà del final del segle XIX.
El nou convent s’emplaçava exactament en el solar que avui ocupen l’església de la Reparació i les antigues Escoles Públiques Municipals de la Mercè. Sembla que l’església d’aquest nou cenobi era de dimensions massa petites i al segle XVII se’n construí una de nova, acabada l’any 1628, que subsistí fins a l’última dècada del segle XIX.
Amb l’exclaustració del 1835 es dissolgué l’orde i el convent es convertí en el Teatre de l’Hospital de la Santa Creu, centre recreatiu de la societat tortosina que perdurà fins el 1884, any en què aquest immoble fou adquirit pel bisbat per a les escoles de la Juventud Católica. Però l’edifici amenaçava ruïna, per la qual cosa el 17 de novembre de 1897 se n’acordà l’enderrocament, que fou dut a terme per l’arquitecte diocesà Joan Abril. En el solar que ocupava l’església del convent, el mateix Joan Abril construí el temple de la Reparació, inaugurat l’any 1903. Durant les obres va quedar al descobert una necròpoli romana.