Existeixen divergències respecte a la data d’establiment de l’orde dels franciscans a la ciutat de Lleida. Segons l’historiador Sainz de Baranda, la fundació del convent de framenors a l’esmentada ciutat es va produir l’any 1211; contràriament, P. Sanaüja, basant-se en els Anales minorum, proposa com a data el període comprès entre els anys 1217-1220.
El convent de franciscans, segons J. Lladonosa, era situat vora del camí de Montsó, justament entre el portal de Boters i el convent de Sant Hilari, extramurs de la ciutat (aproximadament on es troba, actualment, la plaça de Ricard Vinyes).
Els primers documents que fan referència al convent de franciscans de Lleida daten de l’any 1236. En el primer d’aquests es parla de la cessió del convent dels trinitaris de Vinganya a les religioses del mateix orde. El segon document és la butlla Exibita vobis que el papa Alexandre IV adreçà al guardià dels framenors, encomanant-lo que s’informés sobre l’elecció de l’abat de Sant Joan de Pruna. No hi ha noves notícies sobre el convent fins el 14 d’octubre de 1246, data en la qual es va celebrar un acte de reconciliació entre Jaume I el Conqueridor i el bisbe de Girona, Berenguer de Castellbisbal, al qual el rei havia ordenat que li tallessin la llengua a causa de les seves continuades censures.
Cal remarcar que l’orde dels franciscans tindrà un especial protagonisme en el procés de fundació de l’Estudi General de Lleida, l’any 1300. Foren dos frares d’aquest orde els qui van fer les primeres gestions davant Jaume II per tal que concedís a la ciutat el privilegi reial que havia de constituir, poc temps després, l’Estudi General, el primer de la Corona d’Aragó. La relació amb aquest darrer no es trencà mai, fet que es palesa en el renom dels lectors de teologia procedents del convent.
La importància del monestir queda palesa en el fet que el rei Alfons III, en el seu testament, demanà ser enterrat al convent dels franciscans de Lleida, però per motius desconeguts li va ser donada sepultura al convent del mateix orde a Barcelona. El seu fill Pere III el Cerimoniós volgué realitzar la voluntat que havia expressat el rei Alfons, i el 17 d’abril de 1369 va traslladar les despulles del seu pare al convent de framenors de Lleida, acte al qual assistí personalment. Posteriorment, l’any 1646, els paers de la ciutat acordaren el trasllat d’aquestes despulles a la catedral, atès que el convent havia estat pràcticament destruït durant la guerra dels Segadors.
Durant el setge dut a terme contra la ciutat per part de les tropes del rei Joan II, en el context de la guerra civil catalana (1462-72), la paeria ordenà incendiar els monestirs situats extramurs de la ciutat: el de Sant Hilari, el dels predicadors, el del Carme i també el dels framenors. Es va procedir així per tal que les tropes abans esmentades no s’hi poguessin parapetar. Mitjançant notícies posteriors es pot deduir que l’incendi fou parcial, ja que en el monestir de Sant Francesc, segons J. Lladonosa, es va signar la capitulació de Lleida.
Amb el pas del temps, el monestir fou sotmès a diferents obres de refacció i condicionament. Mostra d’això és una carta dels paers al superior major de l’orde, en la qual s’informa del ruïnós estat del convent, fet que li havia reportat la pèrdua de la seva antiga reputació.
El convent de Sant Francesc de Lleida fou seu dels pares franciscans conventuals fins l’any 1567, data en què, per ordre del papa Pius V i el rei Felip II, fou consignat als observants. Aquests darrers només l’habitaren durant un any, i després restà buit fins el dia 1 de juny de 1576, en què el papa i el general de l’orde donaren permís perquè l’ocupessin les monges observants de l’orde de Santa Clara. Més endavant, durant la guerra de Successió al segle XVIII, el primitiu monestir de Sant Francesc fou enderrocat, però restà dreta la seva església. Hi hagué diferents intents per part del comissari visitador de la Província de Catalunya d’iniciar-ne la reconstrucció, que per motius econòmics mai no es va arribar a portar a terme.