La vila de Burgo, jurisdiccionalment integrada a la Vall d’Àneu, i pertant, possessió dels comtes del Pallars Sobirà, fou durant un període de temps desconegut possessió del llunyà monestir de Sant Miquel de Cuixà. L’any 1036, el comte Bernat I de Pallars Sobirà i la seva mare Estefania vengueren la vila de Burgo a Miró Bardina. L’any 1046, els fills d’un Miró, que devia ser l’anterior Miró Bardina, en compliment de les disposicions testamentàries del seu pare, feren donació al monestir de Cuixà de tota la vila de Burgos, situada a la Vall d’Àneu, al comtat de Pallars, amb totes les cases, terres i pertinences compreses dins del seu terme, que limitava amb el riu Noguera, el lloc d’Aras Burgidanas, la vall d’Unarre i el puig de Karasohal.
La parròquia de Burgi, esmentada entre les parròquies de la Vall d’Àneu en l’acta de consagració de la Seu d’Urgell, formava part de l’organització eclesiàstica del deganat de la Vall d’Àneu. La seva església, dedicada a sant Joan, fou també cedida l’any 1046 al monestir de Cuixà, amb les seves dècimes, primícies i el cementiri. Hem d’esmentar la donació que l’any 1163 féu el comte Arnau de Pallars a la mensa d’Urgell de totes les esglésies de la Vall d’Àneu, sense cap excepció, és a dir, que Sant Joan de Burgo era inclosa en aquesta donació.
En el llibre de visites del 1574, Burgo és una de les parròquies de l’oficialat de la Vall d’Àneu. L’any 1553 tenia un sol conrector, el 1723 i el 1770 en tenia dos, i un altre cop un l’any 1821. Actualment depèn de la parròquia d’Esterri d’Àneu.