Aquesta església es trobava dins de l’antic terme del castell de Maçana. Inicialment fou una capella d’hospital de camí, fins que es convertí en una capella d’un hostal.
El lloc de Maçana es documenta a partir de l’any 980, que arran d’un plet sobre uns béns situats a l’apèndix de Gravalosa, a la vall de Cantallops, que afrontaven amb Maçana. Les primeres notícies de l’existència de l’hospital són de l’any 1295, data en què en un testament d’un membre del mas Puig de Gravalosa s’esmenta, entre d’altres hospitals, el de Perafita. No obstant això, l’advocació de la capella a Santa Anna no es documenta fins l’any 1470.
Encara que actualment la capella ha deixat de tenir culte d’una forma regular, l’edifici és en bon estat de conservació.