Aquesta església, situada sobre l’antic port d’Empúries, és esmentada en els nomenclàtors de la diòcesi de Girona del segle XIV com a “capella sancti Eusebii, in parrochia de Inpuriis”, la qual tenia, almenys, un sacerdot encarregat que havia d’acudir als sínodes diocesans. L’any 1601 encara existia i tenia dos beneficiats. Avui no queda cap rastre de la capella de Sant Eusebi, però el seu emplaçament és conegut gràcies a una monografia publicada l’any 1803 per Josep de Maranges, de l’Escala, el qual explica que “a mano derecha de la entrada de dicho Puerto se ve otra fuente de agua dulce, saludable y fría, llamada de San Eusebio, por una capilla o hermita del propio santo, de la cual se van las ruinas encima de un peñasco que tiene inmediato a la misma entrada”. Cal suposar que encara fóra possible d’excavar l’indret d’aquesta capella de la rodalia emporitana, situada al Mas del Pedró, actual casa Robert.