Aquesta església era situada prop de l’actual Mas de Fontanet, a l’enclavament de Fontanet dins del terme d’Organyà. El lloc de Fontanet apareix esmentat en un document del 1021, mentre que el poble, ara desaparegut, ho era en documents dels anys 1026, 1084, 1090, 1091, 1093, 1096, 1100 i 1162, com a part integrant de les possessions de la família Caboet a la vall de Cabó. Amb la unió de les cases Caboet i Castellbò, l’any 1185, Fontanet passà a formar part del vescomtat de Castellbò —dins de la batllia de Cabó, quarter d’Organyà—, que gaudí de la jurisdicció alta i criminal del lloc, mentre...