El castell d’Aguilar, al qual estava vinculada l’església de Sant Sadurní, és esmentat l’any 1042 (o 1044) com a límit, a tramuntana, del castell de la Clua.
L’any 1085, el castell amb els seus termes i pertinences fou deixat per Isarn Guitard als seus germans, Ramon i Arnau, amb la condició que després d’ells passés a la canònica de Santa Maria d’Organyà. El lloc d’Aguilar, a mitjan segle XVII, era dels Margarit pel matrimoni de Maria de Biure i de Cardona, baronessa d’Aguilar, amb Josep de Margarit i de Biure.
L’església del castell d’Aguilar consta en la publicació sacramental del testament de Mir, jurat pels seus marmessors sobre l’altar d’aquesta l’any 1141. En el document hi ha una deixa a l’església de Sant Sadurní. El mateix any, el bisbe d’Urgell, Pere, donava l’església de Sant Sadurní, vinculada al castell d’Aguilar, a l’església de Santa Maria de la Seu d’Urgell. El rector d’Aguilar, dins del deganat d’Urgell, apareix en la dècima del bisbat d’Urgell del 1391.
L’església de Sant Sadurní del castell d’Aguilar, ara en ruïnes, fou substituïda per una nova edificació, construïda al nucli de la població, dedicada també a sant Sadurní, i supeditada a la parròquia de Peramola. Les escasses restes d’aquesta església es descriuen en l’apartat monogràfic dedicat al castell i poble d’Aguilar de Bassella.