El 22 de juliol de l’any 1602, dia de santa Magdalena, foren extrets els següents diputats i oïdors: diputat eclesiàstic: Bernat de Cardona i de Queralt (Segles XVI – XVII), abat de Sant Miquel de Cuixà; diputat militar: Hug de Tamarit i de Rifós, senyor de Rodonyà; diputat reial: Joaquim Setantí, ciutadà honrat de Barcelona; oïdor eclesiàstic: Pau Pla, canonge de la catedral de Barcelona i vicari general del bisbe; oïdor militar: Rafel Rubí i Coll, ciutadà de Barcelona; oïdor reial: Honorat Martí, burgès honrat de Perpinyà
Bernat de Cardona era fill de Lluís de Cardona i de Rocabertí, baró de Verges i de Sant Mori —descendent per via il·legítima del primer duc de Cardona— i de Jerònima de Queralt i de Luna, de la família dels comtes de Santa Coloma. Fou abat dels monestirs de Sant Miquel de Camprodon i de Sant Miquel de Cuixà (1592-1612). Apareix citat en el Dietari de la Generalitat com a membre de diferents juntes del 1581 al 1587.
Refent la relació amb el rei
L’elecció de Bernat de Cardona i dels seus companys de consistori s’esdevingué en l’etapa final del conflicte entrela Diputació i el rei Felip III pel contingut de les Constitucions aprovades a la Cort del 1599. La ciutat de Barcelona havia arribat a un acord amb el virrei, l’arquebisbe de Tarragona Joan Terès i Borrull, per a desbloquejar la situació, però la resposta reial, que fou comunicada al consistori de diputats i oïdors el 13 d’agost de 1602, no va ser satisfactòria. Hi havia dos dels paràgrafs de la carta que es consideraven de «notable perjudici a la Generalitat i tot el Principat si [...] se admetien». Els diputats cercaren el suport del Consell de Cent i convocaren comissions de juristes («doctors») i juntes de braços. Per fi, al gener del 1603 el rei s’avenia a una nova transacció: les lleis que la Diputació discutia serien promulgades, però no aplicades.
Un altre contenciós corresponia a «lo gran agravio pateix lo present Principat en la captura de persones militars»,és a dir, les detencions de nobles. Foren conflictives les del senyor de Montsonís, Carles Ponç de Ribelles, i d’altres cavallers. Les pragmàtiques virregnals que prohibien portar pedrenyals foren també objecte de contradicció.
El 1603 un seguit de qüestions afectaren la cúpula de l’administració reial a Catalunya. El rei va acomiadar del càrrec el portantveus de la general governació del Principat, Enric de Cardona i Erill, i va nomenar per succeir-li Joan de Queralt. El Braç Militar va considerar que «dita remoció i nova provisió de càrrec» vulnerava diverses Constitucions de Catalunya. Els «dotze magnífics doctors» que foren reunits per a aconsellar els diputats no tingueren una opinió unànime. La major part, però, considerà que no hi havia contrafacció, i així ho comunicà Bernat de Cardona, que s’adherí a aquesta posició «per evitar voluntàries contencions ab sa majestat»: «no consent dita pretesa contrafacció per lo braç militar». Els seus companys de consistori, però, foren de diferent opinió. El diputat militar volia una altra comissió formada per antics diputats i oïdors. El diputat reial s’adherí al vot de l’oïdor militar Rubí, oposat al vot de la majoria dels assessors. El Braç Militar també havia instat que l’assessor Climent de Cardona no participés en la consulta pel seu parentiu amb Queralt. La situació es complicà perquè el dia de sant Cristòfol del 1603 morí el virrei Terès. El discutit governador Que-ralt era a la cort, i per evitar que es produís un buit al cim de l’administració reial, el Consell Reial va instar el virrei moribund a nomenar un lloctinent de governador en la persona de Jerònim d’Argensola. Aquest nomenament també fou discutit per diputats i consellers; el Dietari de la Generalitat parla d’ell com d’un «pretés governador». L’Audiència ja temia «que la terra no tinga per bona la nominció de dit Argençola».
En aquesta avinentesa, el 17 de juliol Bernat de Cardona respongué al vot escrit de l’oïdor militar, misser Rubí, al qual s’havien adherit Tamarit, Setantí i l’oïdor reial. Cardona féu un recordatori de les obligacions dels diputats de tractar els temes «ab madur i prudent tractat» i afegia: «esta obligació, bé que sia comuna de tots, l’ha tinguda dit don Bernat com molt pròpia.» No tan sols es tractava de discutir si el rei podia llevar el càrrec al portantveus, sinó d’una oposició a la persona de Queralt, que havia estat detingut per la Generalitat el 1588, després d’haver-ne estat diputat militar el trienni anterior. Precisament Bernat de Cardona, aleshores abat de Camprodon, havia format part de la divuitena de la defensa de la visita de la Generalitat. A la fi, Queralt fou governador, i al final del mes de juliol del 1603 el diputat eclesiàstic donà la benvinguda al nou virrei, el napolità Ettore Pignatelli e Colonna, duc de Monteleone. El diputat Cardona «féu son raonament donant-li la benvinguda». Posteriorment, al març del 1604, Queralt va tenir un conflicte en l’exercici de la seva jurisdicció directa a Cambrils, la qual cosa contravenia els privilegis municipals de la vila.
Durant la presidència de l’abat Bernat de Cardona, els greuges comesos pels soldats de l’exèrcit reial eren constants. El comtat de Rosselló, per la seva condició de frontera, tenia un nombre elevat de guarnició militar i les tensions sovintejaven. El capità general de les tropes reials al Rosselló era Carles de Coloma i de Melo, de la família dels comtes d’Elda. Davant la queixa del síndic de Perpinyà, els diputats demanaren, extrajudicialment, al virrei que esmenés els procediments de Coloma, però aquest tenia el suport del Consell de Guerra de la cort. Es tractava que Coloma no pogués tenir fleca, taverna i carnisseria al castell major de Perpinyà. Els diputats enviaren una ambaixada solemne al virrei, que els donà una resposta contemporitzadora.
La Cort del 1599 havia establert l’armament de quatre galeres per part de la Generalitat. Per finançar-les s’establí un nou impost: el dret de galeres, però sembla que l’import calculat a les corts era insuficient. El consistori anterior havia intentat comprar unes galeres que la duquessa de Maqueda tenia a Sicília, que mai no arribaren. Els cònsols de la Llotja i els gremis de Barcelona es queixaven que el nou impost provocava la caiguda del comerç atès que gravava les mercaderies. Els consellers demanaren que se suspengués el pagament, ja que les galeres no es construïen. Els diputats intentaren que quedés en suspens la construcció de les galeres, però el rei no ho permeté, i els diputats respongueren, «parlant lo senyor diputat eclesiàstic», que es procuraria fer «lo que per sos càrrecs estan obligats». Els diputats creien que les galeres s’havien de mantenir només amb els drets nous i no pas amb els ingressos anteriors, altrament seria «la ruïna i destrucció de la Generalitat de Catalunya», ja que no es podrien pagar els censals als creditors ni els serveis al monarca. El virrei es negà a transmetre al rei la proposta de suspendre el tema. El 4 de maig de 1605 el diputat eclesiàstic llegia una proposició sobre les galeres, en la qual es trobava que les promeses del rei sobre aquest afer eren poc contretes; la darrera carta reial era «molt genèrica i compendiosa». El diputat militar, però,era d’un altre parer.
Durant la presidència de Cardona visitaren la Generalitat dos alts dignataris de la Monarquia amb jurisdiccions a Catalunya. Primer van ser (desembre del 1602) els comtes de Benavente, nomenats virreis de Nàpols. La comtessa, segona muller, era Mencía de Requesens i Zúñiga, filla de Lluís de Requesens, senyora de Martorell i d’altres poblacions catalanes. Els diputats tingueren en compte, en visitar-la, «les mercès que aquest Principat havia rebut de dits senyors i en especial la bona acollida que havien fet al diputat Onofre Bruguera el 1599, essent virreis de València, amb motiu de les noces de Felip III». Un any després, al desembre del 1603, arribava a Barcelona amb la seva família Antoni de Cardona i Fernández de Córdoba, duc de Somma, Sessa i Baena, comte de Palamós, Trivento, Avellino i Cabra, i senyor de Bellpuig. Els ducs de Sessa visitaren el Palau de la Generalitat el darrer dia de l’any 1603. Don Antoni venia d’exercir l’ambaixada de Roma, de la qual la Generalitat encara no havia pagat la seva part de despeses, on havia gestionat la canonització de sant Ramon de Penyafort.
Durant l’etapa final del trienni començà la visita d’inspecció dels funcionaris reials a Catalunya, que estava prevista per una llei de la Cort del 1599. El visitador fou el conseller d’Aragó, Diego Clavero. Suspengué del seu càrrec alguns dels magistrats de l’Audiència i ho comunicà als diputats per tal que ordenessin que no se’ls pagués el sou. Per la seva part, l’assessor de la Generalitat, Climent de Cardona, proposà que el virrei nomenés substituts per als magistrats suspesos, sobretot del regent i del fiscal, perquè no quedés aturada l’administració de la justícia.
El 30 de novembre de 1604, dia de sant Andreu, fou extret com a conseller en cap de la ciutat de Barcelona el diputat reial Joaquim Setantí, el qual va exercir el càrrec sense deixar la seva presència al consistori. Setantí ja havia estat conseller terç de la ciutat (1588) i conseller en cap (1592), malgrat tenir un càrrec de designació reial, el d’alcaid del castell de Bellaguarda, des del 1571 fins a la seva mort, el 1612. A més havia rebut una pensió reial durant el seu mandat i en acabar obtingué un hàbit de l’orde de Montesa.
La representació del braç de les universitats en el consistori va quedar alterada quan l’oïdor reial, Honorat Martí, va morir el 7 de febrer de 1605. Els seus companys de consistori «anaren al dol... molt acompanyats d’oficials engramallats» i s’instal·là un túmul davant la capella de Sant Jordi. El 21 del mateix mes fou extret, pels mesos que restaven de trienni, un nou oïdor reial, mossèn Rafael Albert, notari de Girona, però aquest personatge morí el mateix dia. El 3 de març es realitzà una nova extracció en la qual sortí el nom de Jeroni Bosch, mercader de Perpinyà, el qual jurà el càrrec el dia 14. El diputat eclesiàstic, Bernat de Cardona estigué absent del seu càrrec per malaltia alguns dies al final de juny del 1605, poques setmanes abans de la fi del seu trienni al capdavant de la Generalitat.