El 22 de juliol de l’any 1521, dia de santa Magdalena, foren extrets els següents diputats i oïdors: diputat eclesiàstic: Lluís de Cardona i Enríquez, abat de Santa Maria de Solsona; no prengué possessió del càrrec; diputat eclesiàstic: Joan de Vilanova, donzell; diputat reial: Joan Berenguer d’Aguilar i de Miquel, ciutadà honrat de Barcelona; oïdor eclesiàstic: Galceran de Rocabruna; no prengué possessió del càrrec; diputat reial: Perot de Darnius, donzell; diputat reial: Jaume Granell, ciutadà de Tortosa.
El 22 de juliol de 1521 va ser extret com a diputat eclesiàstic Lluís de Cardona i Enríquez, abat de Santa Maria de Solsona. Aquest, que es trobava a Flandes, no arribà a temps per a jurar el càrrec, com tampoc no el jurà l’oïdor eclesiàstic Galceran de Rocabruna. El 23 de setembre es realitzà una segona extracció, en què foren escollits Joan Margarit i de Requesens (Sant Gregori 1468 – Girona 1554), ardiaca major de Girona i canonge de Barcelona, com a diputat eclesiàstic, i Sebastià Cartellà, paborde de Berga del monestir de Ripoll, com a oïdor del mateix braç.
Joan Margarit i de Requesens fou nomenat ar-diaca de la catedral de Girona el 1494 i, des del 1534, enfou bisbe (arran dels precs que la ciutat adreçà a Carles V). En la seva tasca com a religiós es destacà perquè encomanà al destacat impressor i gravador de Lió Cornelius de Septemgrangiis, el missal diocesà (1546) i el ritual (1550). El 1525 fou designat president del Tribunal del Breu, el qual tenia la funció de reprimir aquells bandolers que es valien dels privilegis clericals per a gaudir d’impunitat davant la justícia ordinària.
El diputat reial Joan Berenguer d’Aguilar i de Miquel tingué una important representació en els dos consistoris principals de Catalunya, la Generalitat i el Consell de Cent. En efecte, Joan Berenguer d’Aguilar, ciutadà honrat de Barcelona i senyor del palau d’Aguilar del carrer de Montcada, exercí com a jurat del Consell de Cent, cònsol de la Llotja de Mar, administrador de la Taula de Canvi, ambaixador de Barcelona, cònsol del Principat de Catalunya a Tràpena (Sicília), conseller en cap de Barcelona i síndic d’aquesta ciutat a la Cort del 1510. Ferran II li concedí el privilegi de ciutadà honrat de Barcelona el 31 d’agost de 1510. Els seus pares foren Joan Berenguer d’Aguilar i de Torrelles (mercader i canvista de Barcelona, jurat del Consell de Cent, conseller quint i racional de Barcelona) i Francesca de Miquel. Els seus avis paterns havien estat Joan d’Aguilar (mercader, canvista i cònsol de la Llotja de Mar) i Aldonça de Torrelles. Joan Berenguer d’Aguilar era casat amb Beneta Àngela Matea de Junyent i d’Aguilar, filla de Pere Joan de Junyent i de Gualbes i d’Elionor d’Aguilar i d’Oliver. La filla d’ambdós, Caterina d’Aguilar i de Junyent, hereva de la Casa d’Aguilar, es casà amb el donzell Galceran Durall [Dusai] i de Malla, conseller segon de Barcelona, cònsol de la Llotjade Mar, veguer de Barcelona i mestre racional del Principat de Catalunya. Els descendents del matrimoni adoptaren el cognom de la mare, Aguilar. Un besnét d’aquest matrimoni fou Galceran d’Aguilar, òlim de Dusai i de Dusai, elevat a noble l’any 1609.
La defensa de les fronteres
El trienni va començar amb una notícia arribada des de Peníscola segons la qual el lloctinent Diego Hurtado de Mendoza y Lemos volia jurar a Amposta. La notícia va ser rebuda amb trasbals per les autoritats barcelonines. Consellers i diputats es van reunir i van decidir escriure al lloctinent per evitar el fet. Segons consta en la documentació: «deliberaren que sia respost incontinent a la letra del dit Sor. don Diego de Mendoça dient-li sumàriament los grans inconvenients e perills que occorren en voler axí venir a jurar com a loct. General al loc de Amposta...» Segons Eulàlia Duran, el perill que veien les autoritats era que el jurament es volia fer a Amposta per fer sortir gent del Principat i fer-la marxar cap a València a lluitar contra els agermanats. Finalment es va evitar la proposta del lloctinent.
Diputats i consellers també es negaren a enviar gent armada a València per reprimir les Germanies, al·legant que anava contra les Constitucions. La participació catalana, però, no mancà a València, on anaren alguns senyors del Principat. Un dels més conspicus fou Lluís Oliver i de Boteller, que hi anà al capdavant de tota la gent de Catalunya, acompanyat per familiars o amics seus, entre els quals hi havia Lluís Riquer, Perot de Castellet o Ramon de Mur.
El 1522 la por de la propagació de les Germanies al Principat era ben patent entre les autoritats. Així ho constata una carta dels diputats al duc de Sogorb que deia el següent: «Per aquest respecte nos havie paregut a nostres passats y a nosaltres caurens en alguna necessitat de dissimulació y tollerància, majorment en la exactió del fogatge per recel del contàgio dels moviments que són stats en tots los altres regnes de que com crehem sab Vostra Illustríssima en aquest Principat se han descuberts diverses vegades prou mals principis.»
La por que tenien les autoritats catalanes de deixar el país sense homes per a defensar-se no era pas infundada. Al final del 1521 va començar la guerra amb França; la pressió a la frontera es féu angoixant, i s’evidenciaren seriosos problemes per a defensar el país. Al mes de novembre del 1522, els diputats van reunir els estaments per socórrer Puigcerdà, però en la reunió van concloure que no podien aprovar una despesa extraordinària sense la convocatòria de corts per part del monarca. Des de la fi de les guerres civils del segle XV i fins a la recuperació de la Coronela de Barcelona a la dècada dels anys quaranta del segle XVI, la guerra era una competència exclusiva de la Corona. Per contra, l’emperador pensava que la Generalitat havia d’haver-se implicat directament en el finançament de l’esforç bèl·lic. Això va fer sentir als diputats la necessitat d’enviar un ambaixador (Gaspar Safranquesa) a la cort per defensar-se de les acusacions de Carles, que els retreia el fet de no haver emprat els diners dels greuges per a finançar la defensa de la frontera. És a dir, per no haver emprat els diners recaptats per les corts —que en teoria eren per al monarca però que, en realitat, aquest havia de destinar obligatòriament a compensar les persones i institucionsde Catalunya agreujades per l’administració reial—. El monarca no entenia que aquests diners, als quals ell havia hagut de renunciar per a compensar greuges, no haguessin estat emprats pels catalans per a finançar l’esforç bèl·lic. Per contra, els catalans creien que aquests diners corresponien a particulars i que aquests no tenien cap obligació de lliurar-los per a la defensa de la Monarquia, perquè les institucions catalanes ja hi contribuïen a través dels mecanismes constitucionals previstos. L’ambaixada de la Generalitat es fonamentava en dos arguments principals. D’una banda, la institució no tenia competències en l’àmbit de la mobilització militar del país; si de cas, ha-via de finançar l’esforç bèl·lic dirigit per la Corona. Però (i aquest era el segon punt fonamental) difícilment podia assumir aquesta mena de despeses si la mateixa Monarquia protegia les persones que defraudaven la Generalitat. Aquest segon argument feia referència a un cas molt concret: la protecció que la cort havia ofert a Pere Siurana (collidor dels drets d’entrada i eixida de Barcelona) quan aquest era perseguit per la Generalitat després d’haver desfalcat 21 000 lliures a aquesta institució. Gaspar Safranquesa va poder parlar personalment amb el rei i va tractar d’aquestes qüestions amb Mercurino Arborio Gattinara, gran canceller del rei. Tot i així, la situació es va complicar posteriorment, quan la Corona va intentar aprofitar les negociacions per a exigir que un funcionari reial (el mestre racional) fos l’encarregat de supervisar els comptes de la Generalitat. Aquest era un dels principals objectius de la Monarquia, perquè hauria implicat el control sobre els donatius que les Corts catalanes concedien al sobirà. Però, precisament per aquesta mateixa raó, la Generalitat ho considerava del tot inacceptable, perquè comportaria «totalment destruir la jurisdictió dels diputats» i que «és molt cert e notori que los deputats en ningun temps han donats comptes al mestre racional (i) no (h)i són tenguts donar los». Finalment, el cas Siurana es resolgué quan Carles va revocar-li el perdó, ordenant al lloctinent una investigació i el càstig pertinent, mentre que el control dels comptes de la Generalitat per part del mestre racional es va resoldre a l’Audiència a favor de les tesis dels diputats i dels seus assessors legals.
A Girona, els jurats proclamaven unes ordinacions de pesta per a evitar-ne la propagació, i la mateixa epidèmia servia d’excusa per a no pagar els impostos del coronatge i maridatge que la Generalitat havia de recaptar. En aquest sentit, cal recordar que l’ardiaca de la seu de Girona era, alhora, el diputat eclesiàstic de la Generalitat.
Durant aquest període van continuar les dificultats del trienni anterior per a aconseguir cobrar el fogatge. Al maig del 1524, cap de les col·lectes estava al dia dels seus pagaments. Puigcerdà ni tan sols havia liquidat el primer termini. A Lleida, Montsó i Girona es devien diners dels fogatges. La situació era tan greu que els diputats van recórrer al lloctinent per tal que la justícia reial processés els deutors dels fogatges. Segons Àngel Casals, ho podien fer perquè, en primer lloc, el rei era el primer beneficiat del cobrament. En segon lloc, segons les Constitucions, el General podia fer servir els oficials reials quan els necessités. I, en tercer lloc, fer-ho els evitava la despesa de pagar als oficials de la Generalitat. El retard en el pagament del fogatge va provocar un enfrontament entre la mateixa Diputació del General i la ciutat de Barcelona. Aquesta considerava que la Generalitat també devia diners al Consell de Cent. Tot i així, el 1525, el rei es posà a favor dels diputats. En els balanços que feien els diputats es va constatar que el cobrament es retardava tant que fins i tot en alguns casos encara no s’havien presentat els balanços del 1494 (com era el cas de Balaguer) o del 1497 (Tortosa, Lleida, Cervera, la Vall d’Aran, Perpinyà, Vilafranca de Conflent, Castelló d’Empúries o Girona).