Aquesta església, de la qual resten uns vestigis escadussers, es trobava en l’indret on hi ha el despoblat de Vilamflor, a la riba esquerra de la Noguera Pallaresa.
Vilamflor s’ha intentat identificar amb el lloc anomenat Villa Furoris en el document de l’acta de consagració de la Seu d’Urgell. La seva història, gairebé del tot desconeguda, devia anar vinculada a la del castell de Vilamflor, ben documentat.
En el recorregut per les esglésies parroquials del deganat de Montenartró realitzat pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona, els anys 1314-15, s’hi inclou l’església de Sant Feliu de Vilamflor. El lloc es devia despoblar, com el de Colinos i altres de la muntanya de Sobac, a la fi del segle XIV, i l’any 1638 era ja simplement un mas.