Les referències documentals més antigues d’aquesta església i de la seva vila podrien correspondre a l’any 979, en què foren donades unes terres situades a Pugalto a favor de l’església de Sant Vicenç de Saurí, sense cap indicació que ens permeti situar, amb precisió, el lloc; i a l’any 1082, en què el comte Artau II, el seu germà Ot i llur mare Llúcia donaren al monestir de Gerri, entre d’altres béns, l’església de Santa Maria de Pujalt. Si aquest esment es correspon a la vila de Pujalt, cal suposar que es produí un canvi d’advocació, ja que en la visita efectuada pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona a les esglésies parroquials del deganat de Montenartró, els anys 1314-15, Pujalt tenia com a titular sant Pere, igual que en les visites pastorals del 1575 i el 1758. En ambdues consta com a església de l’oficialat de Sort. Actualment depèn de la parròquia d’aquesta vila.