Sort apareix com a topònim en diversos instruments del segle X. En canvi, la primera referència, malgrat que indirecta, de l’església parroquial de Sort data de l’any 1055, en què la comtessa Ermessenda donà a la canònica de Santa Maria de la Seu la vila de Sort, amb totes les esglésies i parròquies, entre les quals es pot considerar que hi havia la parròquia de Sant Feliu. Aquesta donació fou confirmada posteriorment, per part dels comtes Ramon V i Valença, l’any 1069, pel comte Sunyer de Pallars l’any 1079, i per la butlla del papa Urbà II, l’any 1099. Tot i així, els sagrers de Sort foren violats més d’un cop durant les guerres que enfrontaren les dues branques de la família comtal de Pallars al segle XI.
Sant Feliu no apareix documentada específicament fins l’any 1280, en què formava part del deganat de Montenartró, i encara hi formava part el 1314, en ser visitada pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona. Amb la reestructuració del bisbat d’Urgell, Sant Feliu de Sort passà a ésser cap d’un oficialat, que ja consta en la relació de rectories i beneficis del començament del segle XVI, datable vers el 1526, en la qual consta amb sis beneficis. En la visita pastoral del 1575 l’església de Sant Feliu, sense tenir la categoria de col·legiata, tenia una comunitat de beneficiats preveres, que arribà a catorze membres. Segons es recull en la visita pastoral del 1758, aleshores tenia vuit títols de beneficis, encara que només sis hi residien. En aquesta visita consta com a sufragània de Sant Feliu l’església de Pernui.
L’església de Sort es troba a l’extrem sud de l’antiga vila de Sort, fora del seu nucli fortificat primitiu. La vila va néixer als peus del castell i vinculada a aquest. No consta que l’església tingués cap nucli de poblament entorn seu fins a temps moderns; només devia tenir sagrers o graners posats sota la seva protecció eclesiàstica.