Aquesta ermita és de molt difícil localització pel fet d’haverse construït aprofitant una balma del vessant meridional de la serra de Sant Miquel que l’amaga d’una primera visualització llunyana. La història de l’ermita de Sant Cap és força confusa, ja que el seu origen està més basat en la tradició que en un registre documental fiable. Sembla que hem d’identificar el que actualment es coneix a la rodalia com l’ermita del Sant Cap amb l’emplaçament originari del monestir de Bellpuig de les Avellanes, conegut com a “Bellpuig el Vell”, malgrat que no s’hagin conservat més restes que les de l’ermita troglodítica.
El primer document que testimonia l’existència d’una comunitat premostratenca a la zona és la dotació que feren els comtes d’Urgell Ermengol VII i Dolça, al mes de febrer de l’any 1166, per a la construcció d’un monestir. Primerament donaren el Mons Malet per a l’edificació del cenobi. Malgrat que no s’ha conservat el topònim, creiem que l’hem d’identificar amb la serra on es troben situades actualment les ermites de Sant Miquel, prop de Vilanova de les Avellanes, i de Sant Cap. Els comtes donaren també tota la vall que domina l’esmentat turó. La dotació és molt extensa i comprèn rendes i dècimes de diverses propietats dels comtes; béns immobles com la torre vella de Menàrguens, les cases d’Alegret a Balaguer, al grau d’Almatà; propietats rurals, com l’hort que els comtes tenien a Balaguer sota l’hort d’Almudafar; les rendes d’oli que sortien d’Alòs, per a la lluminària de la nova església, i finalment la vila de Vilanova de Privà, avui anomenada Vilanova de la Sal, que els comtes, com ells mateixos esmenten en el document, acabaven d’edificar i de poblar. La tradició situa l’arribada dels premostratencs uns anys abans, cap el 1159, quan el primer abat de la comunitat, Joan d’Organyà, arribà procedent de l’abandonat monestir de Vallclara (situat al peu del Montsant i fundat pel comte Ramon Berenguer IV, durant el setge de Lleida el 1149). Al voltant d’aquesta figura, que escollí una balma del Mons Malet com a habitatge, es congregaren una sèrie de premostratencs, que fundaren una comunitat independent.
Hi ha una confusió notable sobre els orígens del monestir, a causa de la fundació d’una altra comunitat premostratenca, a pocs quilòmetres de la primera, a l’indret conegut com a Fonts Amargues, al setembre d’aquest any 1166. En realitzarien la fundació el noble Guillem d’Anglesola, d’acord amb l’abat del monestir de Casadieu (Gascunya). A. Pladevall creu que aquesta fundació paral·lela hauria tingut lloc pel desacord dels premostratencs amb la fundació d’una comunitat independent de l’orde en aquella zona, entorn d’un grup d’eremites comandats per Joan d’Organyà. El comte Ermengol VII uniria poc després les dues fundacions en una de sola, a l’indret de Fonts Amargues, i aquesta comunitat quedaria ja sota la influència de Casadieu. D’aquesta manera s’abandonarien les dependències de Bellpuig el Vell, en temps ja de l’abat Guillem, cap al 1195, malgrat que sembla que una petita comunitat hi visqué encara uns anys abans del seu abandó definitiu. (CAT-JGB)
Considerem que de l’antic edifici premostratenc no en queda pràcticament res més que els carreus aprofitats per a la construcció de la façana actual de l’ermita i algunes restes de motllures o fragments d’elements constructius escampats pels bancals de les terrasses de conreu actuals. (CAT-CCA-JGB)