Aquesta església, avui completament desapareguda, es devia aixecar a prop de les restes del castell de Montesquiu, que es trobava dalt d’un turó, a prop de l’Astor. Tot i que el lloc de Montesquiu no és documentat fins a l’any 1332, aquesta església, com el castell, fou segurament construïda en època romànica.
En uns capítols acordats el 1433 entre Rafel Sesilles, comanador de Sant Miquel de la Manresana, i Dalmau Pujalt, rector de Santa Maria de Segur, s’entreveu que l’església de Montesquiu era sufragània de la de Segur. Segons aquest document només podien ser batejats a Sant Pere de Montesquiu els fills del senyor del lloc.
És molt probable que aquesta església desaparegués al segle XV, ja que durant la guerra civil contra Joan II les hosts de Lluc Ferrer destruïren el poble i el castell de Montesquiu.