L’origen de la vila de Vilanova de Banat es troba en la carta de franquícia que el 25 de juny de 1255 Galceran de Pinós atorgà als nous pobladors del castell de Puig de Calbell, fortalesa que ell mateix havia manat edificar en substitució del castell de Banat. Els nous pobladors procedien de la vila de Banat, i la carta de franquícia els eximia dels mals usos coneguts com cugucia, exorquia i intestia, com també de prestacions forçades. En un primer moment aquesta població rebé el nom de Calbell de Banat, però al final del mateix segle ja apareix documentada com a Vilanova de Banat, nom que ha perdurat. Atenent que en documents anteriors al 1255 s’esmenta la vila de Vilanova, amb la seva església dedicada a sant Iscle, situada dins del terme del castell de Sant Jaume, on fou inclosa la nova Vilanova de Banat, cal suposar l’absorció per part d’aquesta darrera població de l’antiga Vilanova.
Així, els esments de Vilanova que apareixen en els documents a partir del final del segle XIII, s’han de vincular amb la nova Vilanova de Banat i no amb el primitiu nucli de Vilanova. Entre aquests destaquen el testament del 1277 del mateix Galceran de Pinós, on deixa la vila de Vilanova al seu fill Galceran; el nomenament de procurador general i governador de totes les seves terres, fet l’any 1295 per Galceran IV de Pinós, en la persona de R. de Vallespirans; o la confirmació signada per Saura de Pinós a favor d’Arnau de Sant Esteve, l’any 1312, on figura Vilanova de Banat. En aquest sentit s’inclou la menció del capellà de Villanova en la relació de la dècima del 1280, que cal vincular amb Santa Cecília de Vilanova de Banat i no amb Sant Iscle de Vilanova.
L’església de Santa Cecília de Vilanova de Banat apareix esmentada amb propietat l’any 1312, en la relació d’esglésies visitades pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona a la diòcesi d’Urgell; i, en el llibre de la dècima de la diòcesi d’Urgell del 1391, dins del deganat d’Urgellet, on consta que el capellà de Vilanova de Banat, en concepte de dècima, havia pagat la quantitat d’1 lliura i 4 sous. En les visites pastorals dels anys 1515, 1575 i 1758 figura l’església parroquial de Santa Cecília de Vilanova de Banat, que tenia com a sufragànies Sant Romà de Banat i Sant Miquel de la casa de Sant Miquel. En la visita del final del segle XVI es fa constar que s’ha de guarnir “el relotge de les campanetes”; i en la del segle XVIII s’especifica que el temple és cobert amb “bóveda pero tan reducida que apenas es capaz para la meitad del pueblo” (l’any 1787 consten censats 127 habitants), i que “sobre la bóveda hay texado y las dos campanas estan debaxo pendientes de una madera”, per la qual cosa es demanà l’allargament de la nau i la millora de l’emplaçament de les campanes. Actualment Santa Cecília és supeditada a l’església parroquial d’Alàs.