L’any 993 es jurà sobre les relíquies de Sant Joan Baptista “cuius baselica sita est in comitatum Urgilitensis, infra domum Sancte Marie Sedis Vicho”, el testament del comte Borrell II. Aquesta notícia sobre l’existència d’una capella dedicada a sant Joan, construïda dins l’església de Santa Maria de la Seu i no com a edifici independent, seria ratificada en la relació feta pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona, en la seva visita a la diòcesi d’Urgell l’any 1312, que esmenten la capella de Sant Joan, amb categoria de parròquia, situada dins la catedral.