L’església de Santa Magdalena, unida a la leproseria de Santa Magdalena, situada originàriament a l’horta del Valira, fou donada al final del segle XVI al convent de Sant Agustí, que hi construí la nova església dedicada a sant Agustí. Possiblement una prospecció arqueològica d’aquest edifici podria aportar informació sobre la primera construcció, de la qual, d’altra banda, no es tenen notícies documentals fins a arribar al 1347, en què, gràcies als estudis realitzats sobre els testaments d’aquest any, l’església de Santa Magdalena apareix com a beneficiària de nombrosos llegats testamentaris, precisament en un moment en què la pesta assolava aquestes terres.