No resten vestigis arquitectònics d’aquesta església, documentada a partir de l’acta de consagració de l’església de Santa Cecília d’Elins, del 1080 on, entre els béns dotals, s’esmenta l’església de Sant Martí de Cintiniano. Posteriorment, Ramon Guillem de Taús, en el seu testament del 1094, deixà a la seva muller Ermergarda, entre altres possessions, el castell de Cintinna.
L’any 1253 el comte Roger IV de Foix comprà a C. de Sallent els drets que aquest tenia sobre el lloc i el castell de Centinyà, que quedà integrat al vescomtat de Castellbò. En el Spill… del 1519, el lloc de Centinyà figura integrat a la batllia de Sallent i Montanissell del quarter d’Organyà, que incloïa les cases de Pujal, dels Torrents, de Santa Eulàlia, de Pujal de Ramoneda, de Remoneda i del Pui de Cases.