Aquesta església és la parròquia del poble de Senyiu, situat al vessant dret de la Valira, prop del coll d’Espina. Segons les primeres referències documentals podem suposar que al començament sols fou una església o capella castellera. La parroqulalitat del terme es trobava a Sant Julià de Vallsenyiu, que segurament correspon a l’església coneguda en l’actualitat com Sant Pere de la Quadra, a Herbera. Més endavant, a partir del segle XIII, Sant Pere de Vallsenyiu es convertí en parròquia en detriment de Sant Julià. Vers el 1044, quan el comte Ramon III de Pallars Jussà concedeix en fidel servei al seu gendre Garcia Eiz i a la seva filla Ricarda l’alou de Vallsenyiu, especifica que no donava res de l’esmentat alou a Sant Pere. Es tracta de la primera referència d’aquesta església. Reiteradament, els comtes del Pallars Jussà optaren per alienar les rendes eclesiàstiques de la vall als monestirs. L’any 1073, per exemple, Ramon IV i la seva esposa Valença evacuaren l confirmaren al monestir d’Alaó, al bisbe Salomó de Roda i als habitants del monestir, les rendes parroquials que tenien a Vallsenyiu. En aquest moment l’església de Sant Pere ja estava subjecta al monestir alaonès. Vers el 1091, aquests mateixos comtes amb llur fill Pere Ramon donaren a Lavaix els delmes de pa, vi i carn, el del nodriment dels cavalls i les vaques, el dels plets i de tot el que tenien per qualsevol dret a Vallsenyiu (terres, vinyes, bous i vaques).
A partir del segle XII, després del conveni del 1140, la parròquia de Vallsenyiu passà a formar part de la diòcesi d’Urgell. Potser amb el suport dels bisbes d’Urgell, els senyors locals disputaren al cenobi d’Alaó la jurisdicció sobre aquesta església; aquests conflictes foren arranjats mitjançant un diploma atorgat el 1218. El senyors Guillem de Sas, Berenguera i el seu fill Ramon Berenguer, Fortuny d’Estada i Maria, van restituir Sant Pere amb les seves pertinences al monestir d’Alaó i, amb l’aprovació del senyor de Vallsenyiu i de la comunitat de clergues, van elegir Ramon Berenguer “abat” de l’església, sota l’autoritat de l’abat d’Alaó. Amb tot, les relacions futures amb Alaó foren problemàtiques, com es desprèn del fet que l’església restés vinculada als senyors del Sas, llinatge més proper als interessos de Santa Maria de Lavaix. Un instrument del cartulari de Lavaix, datat l’any del Senyor 1241, reporta com Sança de Viu va adoptar com a fill el seu nebot “Belenge abad de Sam Pe”, i li donà el castell d’Aguilar, el qual aquest traspassà l’any següent al monestir cistercenc; ambdós documents foren redactats per Arnau Mir, “escrivà de Sant Pere”.
En la visita pastoral del 1373 es consigna que un tal Pere Vila era abat de Vallsenyiu, la qual cosa confirma el títol d’abat que tenia el rector de la parròquia, com es comprova per primer cop el 1218. Les rendes de la parròquia de Vallsenyiu no eren gaire importants, ja que l’any 1391 el capellà de Vallsenyiu, del deganat de Tremp, no contribuí amb res a la dècima de la diòcesi d’Urgell.