La vila de Llacunes era al segle X possessió dels comtes de Pallars, com ho indica la donació que el comte de Pallars Sobirà, Guillem, feu al vescomte d’Urgell, Guillem i a la seva muller, Ermengarda, germana del donador, del lloc de Lagunuas, a la vall de Siarb, amb totes les seves pertinences i possessions, fet que implicà l’adscripció de tot aquest terme al vescomtat d’Urgell, és a dir, als Castellbò, car Guillem I i la seva muller Ermengarda de Pallars eren vescomtes d’Urgell i senyors de Castellbò. La datació d’aquest document presenta certes particularitats, estudiades detalladament per Cebrià Baraut. Segons aquest autor, cal datar el document l’any 1024, però amb la possibilitat versemblant que la data fos l’any 1017. Aquesta donació no incloïa l’església de la vila, car el 1010, la parròquia i l’església de Sant Martí de Llacunes era confirmada pel bisbe Ermengol a la canònica de Santa Maria de la Seu, que, segurament, l’havia rebut del prevere Edó l’any 999. La parròquia de Llacunes és esmentada també en l’acta de consagració de la Seu d’Urgell. L’any 1045, Ermengarda de Pallars feu donació a Santa Maria de la Seu de l’alou que tenia a Lagunulas, i amplià així les possessions que la canònica hi tenia. L’any 1096 feu testament Gerbert, que llegà les seves possessions a la seva família i a Santa Maria de la Seu, la majoria de les quals eren situades a la vila de Lagunues. En aquest document s’esmenta la parròquia de “Sancto Martino cum ipsa terra tras castello”.
En el judici establert vers 1110-11 entre el monestir de Gerri i Pere Ramon de Sersui pels béns que la germana d’aquest, Ava, havia llegat al cenobi, i que es resolgué a favor d’aquest darrer, s’esmenta el lloc de Lagunues de la vall de Siarb. L’any 1204, Gerri rebia noves possessions al lloc, una coromina, de Guillem de Malmercat.
El 1381, Llacunes consta com a lloc del vescomtat de Vilamur, amb cinc focs; hom desconeix, però, la data en què s’incorporà.
En la visita del 1575, s’esmenta l’església de Sant Martí de Llacunes, dins l’oficialat de Sort, que tenia com a sufragània Sant Salvador de Rubió. En la visita del 1758 s’especifica que l’edifici és en bon estat. Actualment depèn de la parròquia de Rialb.