Bé que el castell de Mencui és documentat des del 1187, l’església de Mencui no és consignada fins a l’inici del segle XIV. L’església parroquial de Santa Maria de Muncuyl fou visitada pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona, entre el 1314 i el 1315, en el seu recorregut per les parròquies del deganat de Montenartró. En el llibre de la dècima del 1391, el capellà de Mencui, que pagava la quantitat de catorze sous i dos diners, és inclòs en el deganat de Cardós. El 1575, dins l’oficialat de Sort, gaudia encara de la categoria de parròquia, que l’any 1758 havia perdut, car era sufragània de Sant Marçal d’Estac. Actualment és inclosa en la parròquia de Sort.