De l’antic monestir de Sant Climent de Codinet no queden restes arquitectòniques. La masia de Codinet i la capella de Sant Pere de Codinet, documentades el 1860, recordaven el lloc on s’erigí el cenobi; eren situades a l’entrada del congost de Tresponts, a l’esquerra del curs del riu Segre, en el camí de la Seu d’Urgell a Organyà, abans que fossin enrunades per una riuada del Segre. A partir dels estudis de J. Villanueva s’havia donat l’any 803 com a data de l’origen del monestir, però les recents tasques d’investigació dutes a terme per C.
Baraut retarden la data de fundació entre els anys 819 i 829, en què el cenobi ja era format per iniciativa del prevere Sentefred, que en seria el primer abat, sota la regla benedictina. L’any 840 la comunitat era integrada per 12 monjos.
En el testament del bisbe Sisebut d’Urgell, del mateix any, consta una deixa, consistent en llibres patrístics i litúrgics, al monestir de Sant Climent de Codinet. En un altre testament, aquest del comte Borell II de Barcelona-Urgell, del 993, consta una donació d’“equas. II. et vachas. II…ad Sancto Clemente in Cutineto”. El patrimoni monacal era format, en el seu origen, per la vila i l’illa de Codinet i terres properes, adquirides pel prevere Sentefred i les primeres donacions. Aquest nucli primitiu s’anà engrandint al llarg dels segles IX i X, a través de vendes, permutes o donacions, però sempre es tractà de petites possessions o de valor escàs, de manera que el monestir no arribà a tenir mai un gran patrimoni, i quedà reduït a una àrea geogràfica compresa al voltant de Codinet, de les valls d’Elins i d’Aguilar, el Pla de Sant Tirs, i de les més llunyanes dels castells de Rialb i Montmagastre. Aquesta migradesa del seu patrimoni fou una de les causes principals que portaren l’any 1004 el comte Ermengol I d’Urgell a unir aquest cenobi al de Sant Andreu de Tresponts, situat a la sortida del mateix congost. L’escriptura de donació fou subscrita pel mateix comte, el bisbe Sal·la d’Urgell, l’abat Ponç de Tavèrnoles i el jutge Isarn, a més d’altres testimonis. A partir d’aleshores el monestir de Codinet deixà de ser esmentat en la documentació, si bé sí que perduraren els esments de les esglésies de Sant Climent i Sant Pere de Codinet i del lloc.